Zwischen den parlamentarischen Ausschüssen, namentlich dem Sonderausschuss und dem Zeitweiligen Prüfungsausschuss, und Innenminister Diestel kam es immer wieder zu Konflikten. Auf dem Höhepunkt der Auseinandersetzungen wurde bekannt, dass „Offiziere im besonderen Einsatz“ des Staatssicherheitsdienstes seit Monaten in mehreren Ministerien unentdeckt tätig waren. Zudem wurde der Büroleiter des staatlichen „Komitees zur Auflösung des ehemaligen MfS/AfNS“, Dieter Stein, als OibE enttarnt. Daraufhin stellten mehr als 20 Abgeordnete aus allen Fraktionen in der Volkskammersitzung vom 13. September 1990 einen Antrag, Innenminister Diestel wegen Unfähigkeit bei der Auflösung des Staatssicherheitsdienstes abzuberufen. Der Antrag wurde abgelehnt, doch Ministerpräsident Lothar de Maizière entzog daraufhin Diestel die direkte Zuständigkeit und übertrug sie dem Staatssekretär im Ministerium des Inneren Eberhard Stief.

Die Auflösung des Staatssicherheitsdienstes wurde mit dem Beitritt der DDR zur Bundesrepublik am 3. Oktober 1990 für beendet erklärt. Bis zum 31. Mai 1990 waren fast alle Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des AfNS/MfS entlassen worden. Die Auflösung der einzelnen Diensteinheiten und die Sicherung ihres Schriftgutes zog sich bis in den Juni 1990 hinein.

Auch in den Reihen der Bürgerkomitees und der Bürgerrechtlerinnen und Bürgerrechtler hatte es zunächst Überlegungen gegeben, die Akten zu vernichten. Matthias Büchner vom Erfurter Bürgerkomitee berichtete Anfang März, dass die Mitglieder des Bürgerkomitees einerseits das Material am liebsten vernichten würden, damit kein anderer Geheimdienst damit arbeiten könne. Andererseits benötige man die Akten als Beweismittel für Rehabilitierungsanträge. Später sprach sich die Mehrheit der Bürgerrechtsbewegungen für die Aufbewahrung der Personenakten aus. Nur so hätte man die Chance auf geschichtliche und kulturelle Aufarbeitung. Viele der Opfer bzw. Betroffenen wollten ihre Akte einsehen oder gar ausgehändigt bekommen. Auch für den Sonderausschuss zur Kontrolle der Auflösung des MfS/AfNS stand fest, dass zu einer politischen Aufarbeitung die Aufbewahrung des Schriftgutes zählt. Nach Ende der Tätigkeit des Ausschusses solle sichergestellt werden, dass die Akten weiterhin aufbewahrt werden und die Opfer das Recht haben, in ihre Akten Einsicht zu erhalten, so der Vorsitzende des Sonderausschusses Joachim Gauck am 20. Juli 1990. Hierfür sei auch eine Regelung nach der deutschen Einheit in der Bundesrepublik sinnvoll.

Im Auftrag der Volkskammer veränderte der Sonderausschuss zur Kontrolle der Auflösung des MfS/AfNS den vom Ministerrat eingebrachten Gesetzentwurf noch einmal grundlegend. Am 24. August 1990 verabschiedete die Volkskammer fast einstimmig die neue Fassung als „Gesetz über die Nutzung und Sicherung der personenbezogenen Daten des ehemaligen MfS/AfNS“. Alle Redner äußerten die Erwartungen, dass es bei den Verhandlungen zur Vereinigung berücksichtigt und in Bundesrecht übergehen solle. Zentrales Ziel des Gesetzes war die in Paragraph 1 genannte „politische, historische und juristische Aufarbeitung der Tätigkeit des ehemaligen Ministeriums für Staatssicherheit/Amtes für Nationale Sicherheit“.

Das Gesetz sah eine dezentrale Lagerung und Verwaltung der Akten sowie die Aufarbeitung der Akten des MfS in Sonderarchiven der Länder vor. Der von der Volkskammer gewählte Sonderbeauftragte stand demnach nur dem Archiv der früheren Zentrale des MfS in Berlin-Lichtenberg vor. Die Länder sollten eigene Länderbeauftragte wählen, die die jeweils auf ihrem Gebiet lagernden Bestände der früheren Bezirksverwaltungen und Kreisdienststellen verwalten sollten. Gauck erklärte, dies sei die Konsequenz aus der Forderung, dass die Bürger der DDR als Betroffene der MfS-Vergangenheit auch nach der Vereinigung über den Verbleib und die Nutzung der Akten entscheiden sollten. Dies könne am einfachsten über die Länderparlamente geschehen. Das Recht der Betroffenen auf Auskunft hatte man gegenüber dem ursprünglichen Entwurf so weit ausgebaut, wie es nach den Bestimmungen des bundesdeutschen Datenschutzrechts zulässig schien. Hinweise auf die Möglichkeit einer späteren Aktenvernichtung fehlten.

In der Nacht vom 30. zum 31. August wurde bereits nachverhandelt. Am folgenden Tag unterzeichneten die beiden Verhandlungsführer Günter Krause und Bundesinnenminister Wolfgang Schäuble den Einigungsvertrag. Darin wurde dem Ministerrat der DDR das Recht zugesprochen, den künftigen Sonderbeauftragten im Einvernehmen mit der Volkskammer vorzuschlagen. Der Präsident des Bundesarchivs war als sein ständiger Stellvertreter vorgesehen. Ein Beirat sollte aus einer Mehrheit ehemaliger DDR-Bürger eingerichtet werden. Der Einigungsvertrag enthielt dann auch die ausdrückliche Vereinbarung, die Akten auf dem Gebiet der DDR zu lagern. An dem Plan der zentralen Aufbewahrung hielt man allerdings fest. Schließlich empfahlen die Vertragsparteien, die Grundsätze des Volkskammergesetzes in der zukünftigen Gesetzgebung zu berücksichtigen. Es war jedoch nicht vorgesehen, dass das Volkskammergesetz von der Bundesrepublik übernommen werden sollte.

Dieser Kompromiss im Einigungsvertrag genügte den Abgeordneten der Volkskammer nicht. Die Empörung auch innerhalb der Bevölkerung war groß. Am 4. September 1990 besetzten 21 Mitglieder von Bürgerkomitees und Bürgerrechtsgruppen die ehemalige Stasizentrale in Ost-Berlin. Sie forderten die Übernahme des Volkskammergesetzes in den Einigungsvertrag. Ab dem 12. September traten sie zudem in den Hungerstreik. Die Aktion erfuhr eine hohe mediale Aufmerksamkeit. Es folgten Solidaritätsbekundungen und Mahnwachen im ganzen Land. Zwischen den Besetzerinnen und Besetzern und der Volkskammer bestanden enge Kontakte. Die Volkskammer-Fraktionen Bündnis 90/Grüne und SPD erklärten sich zudem mit den Besetzerinnen und Besetzern solidarisch.

Auf Regierungsebene hatten zum Zeitpunkt der Besetzungen und Mahnwachen dann bereits die Nachverhandlungen zum Einigungsvertrag begonnen.

Der öffentliche Druck hatte schließlich Erfolg. Am 18. September 1990 wurde eine Zusatzvereinbarung zum Umgang mit den personenbezogenen Stasi-Akten als Kompromisslösung in den Einigungsvertrag aufgenommen. Der zentrale Zweck des Volkskammergesetzes, die „politische, historische und juristische Aufarbeitung der Tätigkeit des ehemaligen MfS/AfNS zu gewährleisten“, fand sich darin wieder. Auch wurde den Betroffenen das Recht zur Einsicht in ihre Unterlagen garantiert. Die Grundsätze des Volkskammergesetzes sollten dabei nicht nur, wie es in der ursprünglichen Vereinbarung am 31. August hieß, „berücksichtigt“, sondern „umfassend berücksichtigt“ werden. An der zentralen Verwaltung der Unterlagen durch den Sonderbeauftragten hielt man fest, doch sollte jetzt auch eine dezentrale Lagerung der Akten in Berlin und den Ländern möglich sein. Den neuen Bundesländern wurde zudem die Berufung von Landesbeauftragten zugestanden.

In der Parlamentsdebatte am 20. September 1990 zur zweiten Lesung des Einigungsvertrags begrüßten die Redner der FDP, CDU und SPD für ihre Fraktionen den Kompromiss, auch wenn die Mehrheit nicht gänzlich damit zufrieden war. 14 Abgeordnete der SPD erklärten, dem Einigungsvertrag nur unter großen Bedenken zuzustimmen, nicht zuletzt deshalb, weil das Volkskammergesetz zum Umgang mit den Akten im Vertrag nicht verbindlich festgeschrieben worden sei. Die PDS lehnte den Einigungsvertrag ab. In der Fraktion Bündnis 90/Grüne waren die Meinungen gespalten. Der Einigungsvertrag und damit auch die Regelung zum Umgang mit den Stasi-Akten wurde mit einer Mehrheit von 299 Ja-Stimmen zu 80 Nein-Stimmen und einer Enthaltung angenommen.

Ende September wurde Joachim Gauck von der Volkskammer zum Sonderbeauftragten der Bundesregierung für die Verwahrung der Akten und Dateien des ehemaligen MfS/AfNS ernannt. Er trat sein Amt mit Vollzug der deutschen Einheit am 3. Oktober 1990 an und nahm seine Arbeit zur Verwahrung, Erschließung und Offenlegung der Akten des ehemaligen MfS auf. Das Prozedere der Akteneinsicht wurde schließlich im Stasi-Unterlagen-Gesetz vom 29. Dezember 1991 einheitlich geregelt und aus dem Sonderbeauftragten wurde der „Bundesbeauftragte für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes der ehemaligen DDR“.

Nachdem eine Initiative im Ministerrat zur Sicherung des SED-Archivguts gescheitert war, wurde am 13. September 1990 ein gemeinsamer Antrag von den Fraktionen CDU/DA, der SPD, der DSU, der FDP und Bündnis 90/Grüne in die Volkskammer eingebracht, in dem gefordert wurde, dass das Archivgut der Parteiarchive des Politbüros der SED und des Zentralkomitees der SED durch den Staat gesichert werden sollte.

Konrad Weiß (Bündnis 90/Grüne) unterstrich in der anschließenden Debatte die Notwendigkeit einer staatlichen Sicherung des SED-Parteiarchivs, plädierte aber dafür, dass das Archivgut der Führungsgremien der Blockparteien ebenfalls einzuziehen. Daher sollte der Antrag dahingehend ergänzt werden, nicht nur die schriftlichen Überlieferungen der SED staatlich zu sichern, sondern auch die Archivalien der ehemaligen Blockparteien sowie die in enger Verbindung zur SED stehenden Massenorganisationen. Klaus Höpcke (PDS), langjähriger stellvertretender Kulturminister der DDR, wandte sich entschieden gegen den Antrag. Diese Enteignung bzw. Verstaatlichung des Archivs stehe auf keiner rechtlichen Grundlage.

Der Rechtsausschuss, in den der Antrag von der Volkskammer überwiesen wurde, beschloss in seiner Sitzung am 18. September mit vier Stimmen bei drei Enthaltungen, den Fraktionsantrag zur Sicherung des SED-Archivgutes „aufgrund der fehlenden rechtsstaatlichen Grundlage“ abzulehnen. Auch in der Sitzung des Innenausschusses wurde dieser Antrag abgelehnt. Zur Begründung hieß es, bei Begehungen und Sichtungen im Parteiarchiv durch Vertreterinnen und Vertreter des Innenausschusses sei deutlich geworden, dass bereits zum vorhandenen Archivbestand das gesamte Material aus den ehemaligen Abteilungen, Kommissionen sowie Einrichtungen des Zentralkomitees der SED übernommen und gesichert wurde. Eine breite wissenschaftliche Nutzung sei auf Grundlage der neuen Benutzerordnung möglich.

Die Volkskammer folgte in der Plenardebatte am 20. September 1990 den Beschlussempfehlungen der beiden Ausschüsse. Der letzte in der DDR unternommene Versuch, das Zentrale Parteiarchiv der SED unter staatliche Kontrolle zu bringen, war gescheitert. Somit gelang es nicht, eine Regelung für die Sicherung des Archivguts der SED sowie der übrigen Parteien und Massenorganisationen in den Einigungsvertrag aufzunehmen.

Im Einigungsvertrag wurde die Zuständigkeit des Bundesarchivgesetzes lediglich auf die Unterlagen staatlicher Stellen der DDR ausgeweitet und schloss die Archive der Parteien und Massenorganisationen nicht ein. Die Debatten darüber wurden im geeinten Deutschland fortgesetzt, wo 1992 schließlich die „Stiftung Archiv der Parteien und Massenorganisationen der DDR“ (SAPMO) als unselbstständige Stiftung des öffentlichen Rechts im Bundesarchiv 1992 errichtet wurde. Dort werden bis heute die Unterlagen der zentralen Leitungsebenen der Parteien, Gewerkschaften und Massenorganisationen der DDR gesichert und zugänglich gemacht.