Nach und nach wurden das Unrecht, die Korruption, die Willkür und der Ämtermissbrauch öffentlich und führten zum weiteren Abrücken, auch innerhalb der verbliebenen SED-Basis. Diskussionen um die Aufklärung von Amtsmissbrauch und Korruption der Eliten rückten bereits im November 1989 in den Vordergrund und zeigten sich auch in den Debatten der Volkskammer der Übergangsregierung Modrow, wo sich am 22. November 1989 u. a. auch ein Untersuchungssauschuss zu diesem Thema gebildet hatte. Der Zentrale Runde Tisch bekräftigte bei seinem ersten Zusammentreten am 7. Dezember 1989 die Notwendigkeit der strafrechtlichen Verfolgung von Amtsmissbrauch und Korruption. Aufgrund von Aufdeckungen von Bestechlichkeit und Ämtermissbrauch kam es im Laufe der Wochen auch immer wieder zu Entlassungen bzw. Rücktritten von Funktionären. Dabei waren es Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Staatsapparates, die SED, Justizbehörden und die Volkskammer der Übergangsregierung selbst, die Sondereinheiten und Untersuchungsausschüsse bildeten. Es entstanden jedoch auch unabhängige Untersuchungskommissionen aus dem Umfeld der Bürgerbewegung.

Skandale um die Führung offenbarten ein korruptes System, das die SED unter noch größeren Druck setzte. Bis Dezember 1989 verließen 600.000 Mitglieder die SED. Im Januar 1990 hatte über die Hälfte der 2,3 Millionen SED-Mitglieder ihr Parteibuch zurückgegeben. Auf dem außerordentlichen Parteitag am 8. und 9. Dezember 1989 versuchte die SED, durch die Umbenennung in Sozialistische Einheitspartei Deutschlands – Partei des Demokratischen Sozialismus (SED-PDS), einen Neuanfang zu starten. Dort stellte sich auch die Frage, ob sich die SED auflösen müsse, oder ob sie sich von innen heraus grundlegend verändern und erneuern ließe. Schließlich entschied sich die breite Mehrheit der Delegierten dafür, dass die Partei bestehen bleiben sollte, sich aber von innen heraus erneuern sollte. Vor allem sollte die Abkehr vom zentralistischen Herrschaftsanspruch des Stalinismus überzeugend in neuen Programmen verankert werden. Aber auch die Sorge um das Parteivermögen und um die Zukunft der hauptamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter spielte bei dieser Entscheidung eine zentrale Rolle. Die meisten alten Spitzenfunktionäre wie Erich Honecker, Erich Mielke und Willi Stoph schloss man aus der SED-PDS aus. Im Februar 1990 wurde die Partei schließlich in „Partei des Demokratischen Sozialismus“ (PDS) umbenannt.

Mehrheitlich wurde letztendlich beschlossen, die Regierung aufzufordern, die stalinistische Kaderpolitik der vergangenen 40 Jahre aufzubrechen. Kaderleiter aller Einrichtungen der Wirtschaft, der Wissenschaft, des Bildungswesens sowie in den staatlichen Einrichtungen und Verwaltungen seien von ihrer Funktion zu entbinden. Die Festlegungen in den Ministerratsbeschlüssen der Regierung Modrow, die den Generaldirektoren bzw. den zuständigen Ministerien die Eigenverantwortung bei wirtschaftsorganisatorischen Maßnahmen einräumten, seien sofort aufzuheben und bereits getroffene, mit demokratischen Organen nicht abgestimmte, Entscheidungen zu revidieren.

Die letzte geforderte Sofortmaßnahme in diesem Beschluss bezog sich auf die Personalunterlagen. Die Modrow-Regierung hatte am 22. Februar 1990 eine Verordnung zur Arbeit mit Personalunterlagen erlassen, die einem großen Teil der Beschäftigten, den Richterinnen und Richtern, Staatsanwältinnen und Staatsanwälten sowie Soldaten die Möglichkeit zur eigenhändigen Tilgung belastender Personalunterlagen eröffnete. Der Runde Tisch forderte, die Vernichtung, Veränderung und Rückgabe von Kaderunterlagen sofort zu beenden. Der Ministerratsbeschluss sollte außer Kraft gesetzt und einheitliche Regelungen zum Umgang mit Kaderakten schnellstens erarbeitet werden. Die geforderten Maßnahmen erhielten zwar eine Mehrheit am Zentralen Runden Tisch, in der praktischen Umsetzung blieb dieser Beschluss jedoch zunächst wirkungslos. Erst auf Grundlage des Einigungsvertrages setzte dann nach der deutschen Einheit eine umfassende Überprüfung von Personal und Bewerbern des öffentlichen Dienstes ein, die von den neuen Bundesländern unterschiedlich gehandhabt wurde.

Anfang des Jahres 1990 reagierte die Regierung Modrow und entließ den bis dahin amtierenden Justizminister Hans-Joachim Heusinger und ersetzte ihn durch Kurt Wünsche, der dem Ministerium auch unter der Regierung de Maizière vorstand. Ebenfalls im Januar 1990 musste der Präsident des Obersten Gerichtes, Günter Sarge, zurücktreten. Bis zu den Volkskammerwahlen im März 1990 änderte sich die Personalstruktur dennoch nur wenig: Von 1.238 Staatsanwältinnen und Staatsanwälten schieden bis Ende März 1990 nur 40 aus ihrem Amt aus. Ähnliches galt für die Richterinnen und Richter: Von etwa 1.500 Richterinnen und Richtern der DDR räumten bis Anfang April 1990 lediglich 66 ihren Posten. Noch im Februar 1990 beschloss der Ministerrat eine großzügige Vorruhestandsregelung, die Anreize für ein freiwilliges Ausscheiden setzte. Über eine Rechtsanwaltsverordnung wurde zudem jedem Anwalt/jeder Anwältin die Möglichkeit eingeräumt, eine eigene Kanzlei zu eröffnen. Für die Juristinnen und Juristen der DDR ergaben sich dadurch neue berufliche Perspektiven.

Am Zentralen Runden Tisch begründete der Staatssekretär des Justizministeriums Wolfgang Peller am 5. März 1990 dieses Vorgehen u. a. damit, dass der Justizbetrieb in der DDR aufrechterhalten und gewährleistet werden müsse. Das Justizministerium akzeptiere jedoch die Notwendigkeit personeller Konsequenzen bei den Richterinnen und Richtern, die wegen Verhandlungen mit sogenannten politischen Strafverfahren belastet seien. Diese Richterinnen und Richter seien aus ihren Funktionen zu entfernen. Wolfgang Templin (Initiative Frieden und Menschenrechte – IFM) kritisierte in diesem Zuge, dass zum Teil sehr hochbelastete Personenkreise dadurch zum Teil sehr hochdotierte Renten bekommen würden. Die Beteiligten an diesem Justizgeschehen müssten auch strafrechtlich zur Verantwortung gezogen werden.

Die Vertreterinnen und Vertreter des Zentralen Runden Tisches unterstützten dennoch weitgehend die Linie des Justizministeriums. Dies zeigt sich auch in einem Beschluss am 5. März 1990, der auf einen Antrag der AG „Recht“ basierte. Darin nahm der Runde Tisch die DDR-Justiz insofern in Schutz, als dass er der Grundeinschätzung des neuen Justizministers Kurt Wünsche zustimmte, wonach es nicht um eine Infragestellung der gesamten Rechtsprechung und der gesamten Richterschaft gehen könne. Sie folgten „der vom Minister der Justiz, Prof. Dr. Kurt Wünsche, getroffene[n] Einschätzung in seiner Erklärung vom 29.1.1990, daß die große Mehrzahl der Verfahren, die Zivil-, Familien- und Arbeitssachen sowie die Straftaten der allgemeinen Kriminalität betrafen, unter Wahrung rechtsstaatlicher Prinzipien durchgeführt worden sind“. Auf der anderen Seite forderte der Runde Tisch die Regierung auf, umgehend Maßnahmen einzuleiten, um aus der Rechtsprechung alle Richterinnen und Richter zu entfernen, die maßgeblich die politische Strafrechtssprechung der DDR angeleitet und ausgeübt hatten. Der Entwurf des Richtergesetzes müsse überdies dringend in der Volkskammer erörtert werden. In diesem Richtergesetz solle u. a. die Unabhängigkeit der Richterinnen und Richter sowie Maßnahmen zur Entfernung belasteter Richterinnen und Richter durch die Regierung festgelegt werden. Dieses Richtergesetz, in der die Überprüfung der Richterinnen und Richter vorgeschrieben und geregelt wurde, wurde dann am 5. Juli 1990 in der neugewählten Volkskammer verabschiedet.

Im Abschlussbericht zur Auflösung des MfS/AfNS, der am 12. März 1990 am Zentralen Runden Tisch vorgestellt wurde, wurde ebenfalls deutlich gemacht, dass der Umgang mit der Vergangenheit nur in einer gesellschaftlichen Atmosphäre erfolgen könne, die dem Einzelnen eine Chance zum Neuanfang ließe. Dazu gehöre, dass Menschen offen mit ihrer Vergangenheit umgehen dürften, ohne Angst zu haben, für immer angefeindet und ausgegrenzt zu sein. Dennoch sei es für das künftige Miteinander der Bürgerinnen und Bürger wesentlich, dass die ehemaligen Offiziellen und Inoffiziellen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sich –  unabhängig vom Maß der Verantwortung und von der Art ihrer Tätigkeit – auch der Tatsache stellen müssten, in die verfassungswidrige Arbeit des MfS/AfNS verstrickt gewesen zu sein.

Seit Herbst 1989 gab es immer wieder erregte öffentliche Debatten über das Problem von Rentenzahlungen für ehemalige Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des MfS. Die Regierung Modrow und die MfS/AfNS-Führung hatten bereits im November 1989 begonnen, über die Versorgung der entlassenen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter nachzudenken. Neben Regelungen zur vorzeitigen Berentung gab es noch zwei weitere Maßnahmen. Zum einen sollten alle Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, die nicht in Rente gingen, für bis zu 36 Monate „Übergangsbeihilfen“ erhalten, mit denen ihr künftiges Einkommen in anderen Arbeitsverhältnissen bzw. als Arbeitslose auf 80 % der bisherigen Nettodienstbezüge aufgestockt werden sollte. Zum zweiten sollten je nach Dienstalter und Dienstverhältnis „gesonderte Übergangsgebühren“ zwischen 600 und 10.500 Mark gezahlt werden. Der Ministerrat der Regierung Modrow bestätigte diese Regelung in ihren Grundzügen am 14. Dezember 1989. Es wurde versucht, diese Bestimmungen vor der Öffentlichkeit geheim zu halten, und die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des MfS/AfNS wurden zu Sillschweigen verpflichtet.

Der Runde Tisch konnte jedoch im Januar 1990 im Zuge der beginnenden Auflösung des MfS/AfNS diese Zahlungen publik machen, was erheblichen öffentlichen Ärger hervorrief. Bereits am 3. Januar 1990 kritisierten insbesondere Vertreterinnen und Vertreter der neuen Kräfte in einer Sitzung des Zentralen Runden Tisches die Regierung Modrow für Ausgleichszahlungen und Abfindungen, die an ausscheidende Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des MfS/AfNS im Zuge des Auflösungsprozesses gingen bzw. gehen sollten. Ingrid Köppe vom Neuen Forum (NF) zweifelte an, dass es sich bei der Vereinbarung um eine gerechte Regelung handeln würde. Gerd Poppe von der Initiative Frieden und Menschenrechte (IFM) verwies darauf, dass diejenigen, die unter dem MfS gelitten hätten und ihre Arbeit verloren hätten, niemals eine Entschädigungszahlung erhalten hätten. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des MfS sollten eine Chance der Umschulung erhalten, aber er spreche sich gegen eine Fortführung der Privilegien aus. Der Runde Tisch forderte eine Stellungnahme der Regierung zu diesen Zahlungen.

Die Regierung Modrow musste sich schließlich dem politischen Druck des Zentralen Runden Tisches, der Bürgerkomitees und der Öffentlichkeit beugen. Staatsminister Peter Koch versicherte am 8. Januar 1990 in der 6. Sitzung des Runden Tisches, dass wegen der vorliegenden Proteste und Hinweise die bisherigen Regelungen zur Versorgung überprüft und nicht, wie bisher vorgesehen, durchgeführt werden sollten. Die Übergangszahlungen wurden daraufhin zunächst auf 12 Monate begrenzt. Durch anhaltender Proteste entschied die Regierung Modrow dann, die Ausgleichszahlungen ganz zu beenden. Von Ende Februar an hatten MfS-Mitarbeiterinnen und -Mitarbeiter dann wie alle DDR-Bürger und -Bürgerinnen Anspruch auf Arbeitslosengeld in Höhe von 70 Prozent des letzten Nettogehaltes, wobei das Arbeitslosengeld nach unten auf 495 Mark und nach oben auf 990 Mark begrenzt wurde. Das gesonderte Rentensystem für die ehemaligen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des MfS, wodurch diesen eine für DDR-Verhältnisse großzügig bemessene Altersversorgung zugesichert worden wäre, wurde jedoch erst durch die letzte und einzig frei gewählte Volkskammer im Juni 1990 aufgehoben.

Bis Ende März 1990 gelang es, nahezu alle 91.000 hauptamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des MfS/AfNS zu entlassen oder sie in andere staatliche Institutionen zu übernehmen. Einige Hundert hatten allerdings neue, befristete Arbeitsverträge erhalten, um an der weiteren Abwicklung dieser Institution mitzuwirken. Das waren vor allem Aufgaben des staatlichen „Komitees zur Auflösung des MfS/AfNS“, wobei davon auszugehen ist, dass das Interesse bei den Kadern des alten Regimes, Verflechtungen zwischen der Stasi und dem Staatsapparat vorbehaltlos aufzudecken, begrenzt war. Strafrechtlich zur Rechenschaft gezogen wurden nach 1990 nur wenige Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Ministeriums für Staatssicherheit. In der vereinigten Bundesrepublik wurden sie häufig in privaten Sicherheitsunternehmen, Detekteien, Versicherungen sowie im Bereich der öffentlichen Beschäftigungsförderung tätig. Etwa 1.500 hauptamtliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter wurden in den Polizeidienst des Bundes und der neuen Länder übernommen. Die Gesamtzahl der ehemaligen MfS-Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, die in den öffentlichen Dienst übernommen wurden, ist nach wie vor nicht abschließend bekannt.