Am Zentralen Runden Tisch brachte das Neue Forum (NF) bereits am 18. Dezember 1989 einen Antrag zum „Zustand der DDR-Justiz“ ein, in dem auch auf die Rehabilitierung der Opfer aufmerksam gemacht wurde. Das Neue Forum forderte darin, dass die „vielen namenlosen Opfer der DDR-Justiz kurzfristig zu rehabilitieren und zu entschädigen“ sind. Außerdem müssten alle aus politischen Gründen verurteilten Gefangenen freigelassen werden: „Dabei soll insbesondere gesichert werden, daß auch die wegen Straftatbeständen der allgemeinen Kriminalität verurteilten politischen Häftlinge freikommen.“ Teilweise waren diese Gefangenen nach Paragraphen wie etwa „Rowdytum“ (§215) oder „Beeinträchtigung der öffentlichen Ordnung und Sicherheit durch asoziales Verhalten“ (§249) verurteilt worden, mit denen das SED-Regime kritische Meinungsäußerungen oder Ähnliches verfolgte und bestrafte.

Wolfgang Schnur vom Demokratischen Aufbruch (DA) plädierte dafür, die Regierung Modrow aufzufordern, ein Gesetz über die politische Rehabilitierung für alle politischen Straftaten von 1945 bis Oktober 1989 zu erarbeiten und zu verabschieden sowie den Straftatbestand des „Rowdytums“ im 6. Strafrechtsänderungsgesetz neu zu definieren. Der Zentrale Runde Tisch nahm die Erklärung des Neuen Forums zum „Zustand der Justiz“ mit kleinen Änderungen an und überwies diese an die Arbeitsgruppe „Strafprozess und Strafrecht“ des Runden Tisches, die sich mit der Möglichkeit eines Rehabilitierungsgesetzes und der Abschaffung des politischen Strafrechtes intensiv befassen sollte.

Durch die Debatte um die Auflösung des Ministeriums für Staatssicherheit (MfS) wurde das Thema am Zentralen Runden Tisch zunächst in den Hintergrund gedrängt. Erst im Januar 1990 wurde die Abschaffung des politischen Strafrechtes und die Möglichkeit eines Rehabilitierungsgesetzes erneut am Zentralen Runden Tisch diskutiert. Wolfgang Templin von der Initiative Frieden und Menschenrechte (IFM) forderte am 22. Januar 1990 im Zuge der Debatten um Justizfragen, die Verabschiedung eines Rehabilitierungsgesetzes vorzuziehen und zudem aufzuklären, wer für das begangene Unrecht verantwortlich sei. Staatssekretär Siegfried Wittenbeck (SED), der am Zentralen Runden Tisch Fragen im Namen der Regierung Modrow beantwortete, versicherte daraufhin, dass das 6. Strafgesetzänderungsgesetz und Rehabilitierungsgesetz bereits vorbereitet und diese Gesetze dem Runden Tisch bald zugeleitet werden würden. Dazu kam es jedoch nicht mehr.

Die Übergangsregierung Modrow diskutierte zwar bereits am 18. Januar 1990 im Ministerrat einen ersten Entwurf eines Rehabilitierungsgesetzes, den sie im Frühjahr verabschieden wollte. Sie verschob den Erlass dieses Gesetzes jedoch auf die Zeit nach den bevorstehenden Volkskammerwahlen, obwohl der Runde Tisch darauf gedrängt hatte, die Vorlage des Gesetzesentwurfes zu beschleunigen. So folgten in Bezug auf das Strafgesetzänderungsgesetz und das Rehabilitierungsgesetz erst nach den Volkskammerwahlen unter der Regierung de Maizière praktische Konsequenzen. Inhaltlich sah der Entwurf Modrows lediglich eine Rehabilitierung der strafrechtlich Verfolgten vor. Unzählige Schikanen, Ausgrenzungs- und Zermürbungsstrategien der SED-Diktatur, die darüber hinaus gingen wie beispielsweise eine berufliche Benachteiligung, waren damit nicht abgedeckt.

Trotzdem fand eine erste Rehabilitierung von Opfern politischer Strafjustiz unter der Regierung Modrow statt, auch wenn sich diese pikanterweise auf SED-Mitglieder beschränkte, die vor allem in den 1950er und 1960er Jahren von der offiziellen Parteilinie abgewichen und verurteilt worden waren. Prominente Beispiele waren der Schriftsteller Walter Janka sowie der Philosoph und Journalist Wolfgang Harich, deren Urteile im Januar bzw. März 1990 vom Obersten Gericht der DDR aufgehoben wurden. Gleichwohl waren diese Entscheidungen vor allem symbolischer Natur, da sie über ein Kassationsverfahren vollzogen wurden, wofür der Nachweis eines formalen Rechtsfehlers ausreichend war. Eine politische und moralische Aufarbeitung des Strafrechtes trat dabei in den Hintergrund.