Eine Hürde für die Strafverfolgung im letzten Jahr der DDR war die Reform des DDR-Strafrechts. Dabei ging es vor allem um die Abschaffung des politischen Strafrechts, das seit Anfang 1990 am Zentralen Runden Tisch und in der Modrow-Regierung intensiv diskutiert wurde und die Voraussetzung für die Rehabilitierung von Opfern politischer Strafjustiz bildete. Die Abschaffung vieler einschlägiger Paragraphen zum politischen Strafrecht erfolgte durch den Beschluss des 6. Strafrechtsänderungsgesetzes vom 29. Juni 1990 durch die Volkskammer.

Auch der Paragraph § 165 des DDR-Strafgesetzbuches sollte nach Inkrafttreten des 1. Staatsvertrages nicht mehr angewendet werden. Dieser war aber eine der wichtigsten Bestimmungen zur Verfolgung ehemaliger Spitzenfunktionäre. Durch diese Änderungen und mit der Aussicht, dass durch die deutsche Einheit eine Übernahme des bundesdeutschen Strafgesetzbuches (StGB) in Aussicht stand, war es mehr als unsicher, ob die begonnenen Strafverfahren unter den neuen gesetzlichen Regelungen noch fortführbar waren.

Die Verfolgung der ehemaligen Funktionäre war jedoch von exekutiver wie legislativer Seite in Ost und West politisch erwünscht und sollte fortgeführt werden. Daher wurde mit dem 6. Strafrechtsänderungsgesetz der Paragraph 10 eingeführt: „Soweit vor Inkrafttreten dieses Gesetzes Straftaten nach den Vorschriften der §§ 165, 166 Absatz 1 Ziffer 1 und Absatz 2, 167 bis 171, 173 Absatz 1 Ziffern 1 und 3, Absätze 2 und 3, sowie 214 begangen und Strafverfahren eingeleitet wurden, sind in diesen Fällen die vorgenannten Bestimmungen der Entscheidung über die strafrechtliche Verantwortlichkeit weiterhin zugrunde zu legen. Zusätzlich zu einer Verurteilung wegen verbrecherischen Vertrauensmißbrauchs ist unter den im Gesetz genannten Voraussetzungen der Ausspruch und die Verwirklichung einer Vermögenseinziehung gemäß § 57 StGB weiterhin zulässig.“ Dieser Paragraph regelte die Weiterverfolgung der Funktionärskriminalität, die nun fortgeführt werden konnte.

Die Ermittlungs- und Strafverfolgungsorgane der DDR erhoben kontinuierlich bis in den August 1990 hinein neue Anklagen gegen mehrere Funktionäre des Staatsapparates, u. a. auch gegen Ratsvorsitzende und Kombinatsleiter. Auch ehemalige Politbüromitglieder wie Gerhard Müller und Werner Krolikowski wurden angeklagt. Am 11. Mai erging ein erstes Urteil aufgrund von Amtsmissbrauch gegen Rolf Opitz, dem ehemaligen 1. Sekretär der SED-Bezirksleitung in Leipzig. Er wurde zu einer Freiheitsstrafe von einem Jahr verurteilt, die jedoch in der einzigen Entscheidung des Obersten Gerichtes der DDR in einem Amtsmissbrauchsfall im September wieder aufgehoben wurde und zur neuen Verhandlung zurück überwiesen wurde. Erich Mielke wurde am 26. Juli 1990 wegen der Unterstützung von RAF-Terroristen erneut inhaftiert. Zu dieser Zeit liefen gegen ihn bereits Ermittlungen wegen Planung eines Internierungslagers für Regimegegner, wegen Vertrauensmissbrauchs, Freiheitsberaubung und Rechtsbeugung.

Die Strafverfolgung von DDR-Unrecht begann damit bereits in der Endphase der DDR. Insgesamt hatte die DDR-Bevölkerung hohe und zum Teil unerfüllbare Erwartungen an die strafrechtliche Aufarbeitung. Das Unrecht sollte sichtbar gemacht werden und den Opfern durch die Bestrafung der Täter Gerechtigkeit widerfahren. Gerechtigkeit stellt jedoch keine Kategorie im Strafrecht dar. Die Strafverfolgung musste daher oft hinter dem zurückbleiben, was sich insbesondere SED-Opfer und Oppositionelle erhofft hatten. Im Rahmen der strafrechtlichen Verfolgung leitete die DDR-Justiz bis zum 2. Oktober 1990 insgesamt 180 Anzeigeprüfungs- und Ermittlungsverfahren gegen 124 Personen ein. Davon wurden 41 Fälle vor DDR-Gerichten verhandelt. Bis zur deutschen Einheit ergingen bereits 7 rechtskräftige Strafurteile sowie 11 Strafbefehle. Diese Fälle betrafen hauptsächlich Vorwürfe der Wahlfälschung, des Amtsmissbrauchs und der Korruption. Trotzdem konnten nur wenige Verfahren bis zur deutschen Einheit abgeschlossen werden. Mit der deutschen Einheit übernahm die Justiz der Bundesrepublik Deutschland die Verfolgung und Ahndung des SED-Unrechts.

Im September 1990 beschloss die letzte Volkskammer der DDR, den gesamtdeutschen Gesetzgeber aufzufordern, die strafrechtliche Verfolgung des SED-Unrechts auch nach der deutschen Einheit sicherzustellen. Am 28. September beantragten mehr als 20 Abgeordnete: „Die Volkskammer möge beschließen bzw. als noch offenen Beschluss dem zukünftigen Bundestag übergeben, daß erstens die ehemaligen Auftraggeber für das MfS/AfNS, wie 1. Sekretäre der Kreisleitungen und Bezirksleitungen, Vorsitzende der Räte der Bezirke sowie alle Mitglieder des Politbüros und des ZKs der SED auf ihre rechtswidrige Tätigkeit überprüft werden und ggf. gerichtlich zur Verantwortung gezogen werden.“

Durch diese Forderung sollte auch die SED als Auftraggeber für das MfS/AfNS wieder mehr in den Fokus bei der „Aufdeckung der verbrecherischen Aktivitäten“ gerückt werden, da bisher in der Aufklärungsarbeit meist das MfS im Mittelpunkt stand.

Diese erste Forderung des Antrages wurde daraufhin in den Rechtsausschuss überwiesen, nochmals überarbeitet und erneut der Volkskammer vorgestellt. Der Antrag musste umformuliert werden, da in der ursprünglichen Fassung das Parlament eine unmittelbare Strafverfolgung, die eigentlich nur den Gerichten vorbehalten ist, veranlassen bzw. eine Überprüfung, die zu einer Strafverfolgung führen sollte, ansetzen sollte. Ein Parlament habe jedoch nicht die Aufgabe eine Strafverfolgung durchzuführen, so der Rechtsausschuss. Daher schlug der Rechtsausschuss folgende Formulierung vor, die für den Deutschen Bundestag als Richtschnur zum Handeln dienen sollte:

„Dem gesamtdeutschen Parlament wird empfohlen, unter Nutzung der Ergebnisse der Sonderausschüsse der Volkskammer, welche die Tätigkeit des MfS/AfNS untersucht haben, die Verflechtung zwischen Partei- und Regierungsdienststellen und dem MfS/AfNS in geeigneter Weise zu überprüfen und die notwendigen Maßnahmen zu initiieren, die geeignet sind, Schuldige zur Verantwortung zu ziehen.“

Diese Beschlussempfehlung wurde bei einigen Enthaltungen von der Volkskammer beschlossen. Entscheidend für die weitere Strafverfolgung im gesamtdeutschen Gebiet war aber nicht dieser Beschluss der Volkskammer, sondern in erster Linie die Regelungen dazu im Einigungsvertrag.

Die zweite Forderung des Antrages der mehr als 20 Abgeordneten, in der die Immunität des ehemaligen Ministerpräsidenten und des Mitgliedes der Volkskammer Hans Modrow aufgehoben werden sollte, wurde vom Ausschuss für Immunität und Wahlprüfung abgelehnt. Zur Stellung eines Antrages auf Aufhebung der Immunität seien in erster Linie nur die Staatsanwaltschaften, die Gerichte und die Gläubiger im Vollstreckungsverfahren berechtigt. Der Ausschuss für Wahlprüfung, Immunität und Geschäftsordnung könne nur in besonderen Fällen eigenständig tätig werden, beispielsweise bei Bagatell- oder Verkehrsdelikten. Daher bestehe keinerlei Handlungsspielraum für den Ausschuss diesem Antrag auf Aufhebung der Immunität zuzustimmen.

Der „Sonderausschuss zur Kontrolle der Auflösung des MfS/AfNS“ war ebenfalls dieser Ansicht und stellte bereits während seiner Tätigkeit im Sommer 1990 Hinweise auf Vergehen von ehemaligen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern des MfS zusammen. Die DDR-Staatsanwaltschaft ging diesen Hinweisen jedoch nicht nach. So waren die Erwartungen an die Ermittlungstätigkeiten der Justizorgane in der Bundesrepublik nach der deutschen Einheit hoch, die sich jedoch nur bedingt erfüllen konnten. Während die Tötungen an der Grenze geahndet werden konnten, blieb die juristische Verfolgung von MfS-Unrecht in den 1990er Jahren weitgehend erfolglos. Es erwies sich als undurchführbar, Handlungen einzelner MfS-Mitarbeiterinnen und -Mitarbeiter mit den Mitteln des Strafrechts des geeinten Deutschlands umfassend zu ahnden. Nicht jede Repressionsmaßnahme des MfS verstieß zudem gegen geltende Gesetze. Dazu gehörte etwa, dass das Öffnen privater Briefe oder das heimliche Betreten von fremden Wohnungen nur verfolgt werden konnte, wenn der Geschädigte selbst innerhalb eines kurzen Zeitfensters Anzeige erstattete. Verstöße gegen das Post-und Fernmeldegeheimnis wiederum waren nach DDR-Gesetzen nicht oder nur begrenzt strafbar. Justiziabel waren somit nur die die schwersten MfS-Straftaten wie Verschleppung, Mord und Mordversuch.

Hansjoachim Walther argumentierte hingegen im Namen der DSU, dass es dem Gesetzgeber obliegen sollte, über eine Amnestie zu entscheiden und damit darüber, ob die der Spionage Verdächtigen, seien es Bürgerinnen und Bürger der DDR oder der Bundesrepublik, strafrechtlich zu verfolgen seien. Zudem wäre es ohne eine Amnestie, die auf Politikebene entschieden wird, Sache der Strafverfolgungsbehörden und der Gerichte, darüber zu urteilen, ob bei Bürgerinnen und Bürgern der DDR eine Bestrafung überhaupt in Betracht komme. Es dürfe durch die Aktenvernichtung keine Strafverfolgung verhindert werden. Dies sei ein „Affront gegen den Rechtsstaat“. Zudem würden mit der Aktenvernichtung auch Kenntnisse darüber, wie die Spionage ablief oder welche militärischen und technischen Geheimnisse ausspioniert und ggf. an ausländische Geheimdienste weitergegeben worden sind, nicht mehr bzw. schwer nachvollziehbar sein. Die DSU sehe in der Aktenvernichtung kurz vor dem Beitritt „eine Begünstigung von Straftätern“. Daher beantragte die Fraktion DSU die Vernichtung der Akten auszusetzen. Auch die SPD kritisierte, dass dieses Thema nicht in der Volkskammer debattiert wurde, sondern nur auf Regierungsebene. Dem Antrag der DSU wurde schließlich mehrheitlich bei Stimmenthaltungen und Gegenstimmen zugestimmt.

Auch die DDR-Justiz selbst lehnte jede Form der Amnestie ab. Eine Aufnahme der Amnestieregelung in den Einigungsvertrag scheiterte so schließlich am Widerstand in der Öffentlichkeit, des Bundestages und der Volkskammer. Die Debatte über eine Amnestie für hauptamtliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Staatssicherheit, die auf dem Gebiet der Bundesrepublik spioniert hatten, wurde auch im gesamtdeutschen Parlament nicht weitergeführt. Dies hatten die Bundestagsfraktionen CDU/CSU und FDP noch vor dem 3. Oktober 1990 gefordert.

Die bundesdeutsche Justiz sah sich daher nach der deutschen Einheit mit der Situation konfrontiert, dass sie auf Grundlage des Einigungsvertrages dazu zwar verpflichtet war, begangene Verbrechen zu verfolgen. Viele Taten blieben jedoch, da sie nach DDR-Recht nicht strafbar waren bzw. ihre Strafbarkeit äußerst fraglich war, straffrei oder konnten – moralischem Gerechtigkeitsempfinden nach – nur unzureichend bestraft werden. Spielräume konnte sich die Bundesjustiz mit Bezug auf das Völkerrecht und der „Radbruch’schen Formel“ des deutschen Rechtsphilosophen Gustav Radbruch erkämpfen und so zumindest bei schwerwiegenden Menschenrechtsverletzungen Verbrechen ahnden und auch juristisch als Unrecht klassifizieren. Dies kam vor allem bei den Mauerschützenprozessen zum Tragen. Dass so offenkundiges Unrecht vielfach strafrechtlich nicht ausreichend geahndet werden konnte, war für Laien trotzdem nur schwer nachvollziehbar. Diese Desillusionierung zeigte sich beispielsweise in Bärbel Bohleys berühmten und viel zitierten Äußerung: „Wir wollten Gerechtigkeit und bekamen den Rechtsstaat“.

Die geführten Strafverfahren am Ende der DDR und später dann auch nach der deutschen Einheit haben trotzdem zur Aufklärung und Anerkennung des DDR-Unrechts einen zentralen Beitrag geleistet. Sie haben sich auf die Ahndung schwerer Menschenrechtsverletzungen konzentriert, insbesondere im Hinblick auf die an der deutsch-deutschen Grenze begangenen Gewalttaten. Zudem wurde der in der DDR begonnene demokratische Willensbildungsprozess fortgeführt, indem wegen Wahlfälschung, Amtsmissbrauch und Korruption weiter ermittelt wurde.