In dieser Phase versuchte die SED-Führung zum Teil noch die Justiz, die in der DDR bis 1989 eine wichtige Stütze der SED-Diktatur war, für ihre Zwecke zu instrumentalisieren. In aller erster Linie ging es darum, die eigenen Institutionen und den Machtanspruch zu sichern. Die SED und die DDR-Justiz selbst gerieten jedoch immer weiter unter Druck. Bereits im Dezember 1989 forderten Vertreterinnen und Vertreter des Zentralen Runden Tisches, dass der verantwortliche Personenkreis der DDR-Justiz, der für Urteile im politischen Strafrecht zu ständig war, auszutauschen sei. Auch der damalige amtierende Justizminister, der Generalstaatsanwalt, die Bezirksstaatsanwälte, die Direktoren der Bezirksgerichte und Staatsanwälte müssten ausgetauscht werden, um personelle Kontinuitäten in der Justiz zu vermeiden. Anfang des Jahres 1990 reagierte die Regierung Modrow und entließ den bis dahin amtierenden Justizminister Hans-Joachim Heusinger und ersetzte ihn durch Kurt Wünsche, der dem Ministerium und dann auch der Regierung de Maizière vorstand. Ebenfalls im Januar 1990 musste der Präsident des Obersten Gerichts, Günter Sarge, zurücktreten, auch wenn sich sonst nur wenig an der Personalstruktur der DDR-Justiz änderte.

Seit Beginn des Jahres 1990 gab es den ernsthaften Versuch, die strafrechtliche Verfolgung der Hauptverantwortlichen auf den Weg zu bringen, und die DDR-Justiz begann auch größere Prozesse gegen ehemalige hochrangige Funktionäre einzuleiten, die hauptsächlich Vorwürfe der Wahlfälschung, des Amtsmissbrauchs und der Korruption betrafen. Diese Verfahren wurden auch nach den freien Wahlen am 18. März 1990 trotz einiger rechtstaatlicher Bedenken mit dem ausdrücklichen politischen Willen der Mehrheit der Volkskammerabgeordneten fortgeführt und ausgeweitet. Die meisten der Verfahren wurden nicht bis zur deutschen Einheit abgeschlossen und gingen mehrheitlich an die bundesdeutsche Justiz über.

Die Regierung Modrow beschloss daraufhin bereits am 11. Dezember 1990 die Bildung einer „Zeitweiligen Untersuchungsabteilung für die Prüfung von Amtsmissbrauch und Korruption“ beim Ministerrat. Wenige Tage später wurde außerdem eine Sonderkommission des Ministerrates zur Untersuchung von Amtsmissbrauch und Korruption im Zusammenhang mit der Tätigkeit des Bereiches Kommerzielle Koordinierung, kurz „KoKo“, gebildet.

Die „Koko“, die offiziell im DDR-Außenhandelsministerium angesiedelt war, hatte die Aufgabe abseits der offiziellen, legalen Möglichkeiten des Außenhandels Devisen aus dem Westen zu erwirtschaften. Die Devisen wanderten allerdings nicht in den Staatshaushalt, sondern direkt an die SED oder das Ministerium für Staatssicherheit (MfS). Die Öffentlichkeit wusste bis zum Herbst 1989 nichts davon. Als die Meldungen über Amtsmissbrauch und Korruption sich überschlugen und die Machenschaften der Abteilung Kommerzielle Koordinierung rund um deren Leiter Alexander Schalck-Golodkowski im Dezember 1989 bekannt wurden, hatte die Außenhandelskauffrau Birgit Teschke (Demokratie Jetzt) die Idee, eine zivile Untersuchungskommission zu gründen, um die Vorfälle zu untersuchen und Vermögen zu sichern.

Neben den staatlichen Untersuchungsausschüssen gründete sich daher am 4. Dezember 1989 im Beisein einiger Vertreterinnen und Vertreter des Neuen Forums (NF) und der Demokratie Jetzt (DJ) eine zivile „Unabhängige Untersuchungskommission zur Aufdeckung von Amtsmissbrauch, Korruption und persönlicher Bereicherung“. Die Untersuchungskommission kam daraufhin ins Gespräch mit Ministerpräsident Hans Modrow, erhielt jedoch keine besonderen Befugnisse, um die Arbeit der Untersuchungskommission sachgerecht vollziehen zu können.

Es ist daher insbesondere den oppositionellen Kräften am Runden Tisch zu verdanken, dass auch die zivile „Unabhängige Untersuchungskommission zur Aufdeckung von Amtsmissbrauch, Korruption und persönlicher Bereicherung“ in der Erklärung des Runden Tisches „Zur Rechtsstaatlichkeit“ Erwähnung fand. Die Vertreterinnen und Vertreter des Zentralen Runden Tisches debattierten am 7. Dezember 1989 darüber, inwiefern die unabhängige Untersuchungskommission in der Erklärung zur Rechtstaatlichkeit unterstützt werden sollte. Gregor Gysi von der SED sprach sich gegen eine weitere unabhängige Untersuchungskommission aus, da bereits Untersuchungskommissionen auf staatlicher Ebene gebildet worden seien. Rolf Heinrich vom Neuen Forum (NF) attestierte hingegen ein Versagen der Staatsanwaltschaft beispielsweise in Sachen Schalck-Golodkowski und war der Meinung, dass der Zentrale Runde Tisch dafür sorgen müsse, dass diese Organe tätig würden und das bestehende Recht angewendet würde. Reinhard Schult (NF) forderte, dass die Regierung Modrow diese unabhängige Untersuchungskommission anerkennen und die Zusammenarbeit mit dieser Untersuchungskommission vom Ministerrat auch gesucht und getätigt werden sollte. Der Zentrale Runde Tisch konnte sich schließlich auf folgende Formulierung in der Erklärung des Runden Tisches „Zur Rechtsstaatlichkeit“ einigen: „Die Staatsanwaltschaft wird aufgefordert, mit der am 4. Dezember 1989 gebildeten unabhängigen Untersuchungskommission wirksam zusammenzuarbeiten.“

Im Namen der beiden Kommissionen stellte Wilhelm Wallbrecht von Demokratie Jetzt (DJ) am 5. März 1990 einen Antrag am Zentralen Runden Tisch. In dem Antrag wurde berichtet, dass die beiden Untersuchungskommissionen seit dem 22. Dezember 1989 gemeinsam an der Aufklärung von Hinweisen zu Amtsmissbrauch, Korruption, Privilegien und anderen Problemen arbeiteten. Bei den Kommissionen seien bereits etwa 1.000 Anfragen, Hinweise und Forderungen mit folgenden Schwerpunkten eingegangen:

• „ungesetzliche Eingriffe in privates Eigentum durch Amtsträger, einschließlich Ministerium für Staatssicherheit
• Beschwerden gegen Leitungsentscheidungen und persönliche Verhaltensweisen von Amtsträgern
• korruptes Zusammenwirken von Amtsträgern zur persönlichen Bereicherung
• Selbstverordnung und rigorose Nutzung von Privilegien durch Amtsträger auf allen Ebenen zum Nachteil vom Volkseigentum
• Fortsetzung von Amtsmissbrauch, besonders im Zusammenhang mit Behinderung von Maßnahmen zur Aufdeckung und ihrer Aufklärung sowie Fortbestehen ungerechtfertigter Privilegien.“

Weiter hieß es, dass die Flut der Eingaben kaum zu bewältigen sei, da nur 18 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter diese bearbeiten könnten: „Es ist der Untersuchungsabteilung bewußt, daß die Sachkompetenz von nur 18 Mitarbeitern und die begrenzte juristische Legitimation nicht ausreichen, um auch nur annähernd die durch die Bürger an uns herangetragenen Hoffnungen und Erwartungen erfüllen zu können.“

Die Untersuchungskommission würde trotzdem versuchen in Zusammenarbeit mit dem Obersten Gericht und der Staatsanwalt, die Bearbeitung der Vorgänge zu organisieren. „Die Aufarbeitung dieser aus 40 Jahren DDR resultierenden Erblast“ könne jedoch langfristig gesehen nur von rechtsstaatlichen Institutionen übernommen werden. Da die Arbeit der Untersuchungskommissionen zum 10. März 1990 eingestellt werden sollte, müsse gesichert werden, dass die Vorgänge nach den Wahlen am 18. März von entsprechenden rechtsstaatlichen Institutionen weiter bearbeitet und nicht beendet würden. Daher sollte der Zentrale Runde Tisch folgendes beschließen:

„Der Ministerrat wird aufgefordert, die Arbeit der Zeitweiligen Untersuchungsabteilung des Ministerrats zu Amtsmißbrauch, Korruption und persönlicher Bereicherung in Verbindung mit der Arbeit der Unabhängigen Untersuchungskommission über den Wahltermin 18. März 1990 hinaus zu sichern, bis von dem dann neu zu bildenden Ministerrat über die Übernahme dieser Aufgabenstellung durch entsprechende Organe entschieden wird.“

Der Antrag wurde von allen Vertreterinnen und Vertretern des Zentralen Runden Tisches einstimmig angenommen und an den Ministerrat übergeben.

Vor der Abstimmung des Antrages gab es noch eine Debatte darüber, ob es im Antrag nicht auch eine Empfehlung geben sollte, dass nach den Wahlen am 18. März ein parlamentarischer Untersuchungsausschuss in der Volkskammer eingesetzt würde, der die Aufgaben der Unabhängigen Untersuchungskommission übernähme und fortsetze. Vertreterinnen und Vertreter von Demokratie Jetzt (DJ) schlugen vor, folgenden Absatz mit aufzunehmen: „Die neue Regierung der DDR wird dringend geben, die Arbeit der Unabhängigen Untersuchungskommission zur Aufdeckung von Amtsmißbrauch, Korruption und persönlicher Bereicherung in Form eines parlamentarischen Untersuchungsausschusses der neuen Volkskammer wahrnehmen zu lassen. Bisherige Mitglieder der Unabhängigen Untersuchungskommission sollten kooptiert werden können.“

Der Vorschlag von Demokratie Jetzt (DJ) konnte sich jedoch nicht durchsetzen. Christoph Matschie (SPD) gab beispielsweise zu bedenken, dass die Formulierung staatsrechtlich nicht in Ordnung sei und das schon richtig festgestellt worden sei, „daß hier Verwaltungsgerichte, Verfassungsgerichte und so etwas einfach jetzt gefordert sind an dieser Stelle. Es kann nicht alles dieser parlamentarische Untersuchungsausschuß machen.“ Als Kompromiss wurde jedoch in einem oberen Absatz des Antrages die Möglichkeit eines „Petitionsausschusses der Volkskammer“ eingearbeitet: „Die Aufarbeitung dieser aus 40 Jahren DDR resultierenden Erblast kann langfristig natürlich nur von rechtsstaatlichen Institutionen (Verwaltungsgerichte, Verfassungsgerichte, Petitionsausschüsse der Volkskammer und künftigen Länderkammern…) übernommen werden.“