Währenddessen wies Hans Modrow am selben Tag die Vernichtung von „unberechtigt angelegten Dokumenten“ unter staatlicher Aufsicht an. Nach Protesten aus den Bezirken wurde diese Weisung am folgenden Tag, dem 8. Dezember, widerrufen und Modrow befahl, das Aktenmaterial zu sichern. Nichtsdestoweniger wurden bis weit in das Jahr 1990 hinter dem Rücken der Bürgerkomitees Räume in den Bezirksämtern entsiegelt und Unterlagen ohne ihr Wissen abtransportiert. Unter dem Eindruck der Besetzungen und anhaltender Demonstrationen sowie der Aufforderung des Zentralen Runden Tisches entschloss sich die Modrow-Regierung am 14. Dezember 1989 dazu, das Amt für Nationale Sicherheit aufzulösen, allerdings sollten stattdessen zwei getrennte, alternative Sicherheitsdienste, ein Nachrichtendienst und ein Verfassungsschutz, gebildet werden. Am 18. Dezember 1989 wurde Peter Koch aus dem Justizministerium zum zivilen Regierungsbeauftragten für die Auflösung ernannt, was von Vertreterinnen und Vertretern der Opposition am Runden Tisch kritisiert wurde. Ein höherer Staatsfunktionär könne keine zivile Kontrollinstanz verkörpern.

Um einer Verschleppung der Auflösung entgegenzuwirken, beschloss der Runde Tisch in seiner zweiten Sitzung am 18. Dezember 1989 die Bildung der AG „Sicherheit“. Sie sollte die Auflösung des Amtes für Nationale Sicherheit der DDR koordinieren und kontrollieren.

Am 3. Januar 1990 erstattete Staatssekretär und Beauftragter des Ministerpräsidenten Walter Halbritter dem Zentralen Runden Tisch Bericht über den Stand der Auflösung des MfS/AfNS. Da die Stellungnahme und die Antworten von Halbritter auf Nachfragen von Vertreterinnen und Vertretern des Runden Tisches unbefriedigend blieben, gaben die oppositionellen Gruppierungen (Neues Forum – NF, Grüne Liga – GL, Grüne Partei – GP, Demokratie Jetzt – DJ, Demokratischer Aufbruch – DA, Sozialdemokratische Partei – SDP, Unabhängiger Frauenverbund – UFV, Initiative Frieden und Menschenrechte – IFM) aus Protest eine Erklärung ab, in der sie die Einsetzung einer von ihnen benannten Vertrauensperson für die Auflösung des MfS/AfNS forderten. Auch die Vereinigung der gegenseitigen Bauernhilfe (VdgB) schloss sich dieser Erklärung an.

Am Zentralen Runden Tisch forderten vor allem die Vertreterinnen und Vertreter der oppositionellen Gruppierungen bereits Ende Dezember 1989, auf die Einrichtung eines Verfassungsschutzes bis nach den Volkskammerwahlen zu verzichten. Ingrid Köppe (NF) warnte, dass „nun mit der Bildung von Verfassungsschutz und Nachrichtendienst ein Fortbestehen von staatlich institutionalisierter Bespitzelung zu befürchten ist“. Johanna Töpfer (FDGB) wies dagegen als Vertreterin der „alten Kräfte“ daraufhin, dass das Land einen Verfassungsschutz brauche, um es vor antidemokratischen Kräften zu schützen. Matthias Platzeck (GL) formulierte schließlich einen Antrag, in dem es hieß: „Die Weisung vom 14. Dezember 1989 zur Bildung eines Verfassungsschutzes ist bis zum 6. Mai 1990 auszusetzen. Von der Bildung eines selbstständigen Verfassungsschutzes ist Abstand zu nehmen. Konzepte sind öffentlich zu diskutieren.“ Dieser Antrag entsprach auch einer Forderung der Bürgerkomitees aus dem Schreiben „Staatssicherheit – und wie weiter?“, er wurde am 27. Dezember 1989 mehrheitlich beschlossen und ging somit in die Erklärung des Runden Tisches „Zur Auflösung des Amtes für Nationale Sicherheit“ ein.

Durch den zunehmenden Druck des Zentralen Runden Tisches und der Öffentlichkeit erklärte Ministerpräsident Hans Modrow schließlich am 12. Januar 1990, dass bis zur Wahl der ersten freien Volkskammer am 6. Mai 1990 keine nachrichtendienstlichen Organisationen neu gebildet werden.

Während die Sitzung des Zentralen Runden Tisches weiter lief, fand vor der bisher nicht besetzten Stasi-Zentrale in Berlin-Lichtenberg eine Großdemonstration statt. Auf Anregung des Leipziger Bürgerkomitees hatte die Landesdelegiertenkonferenz des Neuen Forums bereits am 7. Januar 1990 einen landesweiten Aufruf zu Demonstrationen am 15. Januar 1990 beschlossen, in denen u. a. die tatsächliche Auflösung aller Dienststellen des ehemaligen Ministeriums für Staatssicherheit gefordert wurde. Reinhard Schult (NF) und Ingrid Köppe (NF), die beide an diesem Tag noch als Vertreterinnen und Vertreter des Neuen Forums an der Sitzung des Runden Tisches teilnahmen, hatten einen eigenen Aufruf zur „Aktionskundgebung vor dem Stasi-Gebäude“ in der Normannenstraße erstellt. Tausende Menschen folgten diesem Aufruf und forderten den Eintritt in das Gebäude. Auch Vertreterinnen und Vertreter von Bürgerkomitees trafen in der Stasi-Zentrale ein. An ihrem bezirksübergreifenden Treffen am Vortag hatten sie sich dazu entschlossen, dass es auch in der Stasi-Zentrale eine Bürgerkontrolle geben müsse und dessen Auflösungsaktivitäten zu beaufsichtigen sei. In der Zentrale selbst rechnete man seit Tagen mit einer Besetzung, so wurden die Vertreterinnen und Vertreter aus den Bürgerkomitees sofort zu Verhandlungen eingelassen.

Zur selben Zeit fanden sich immer mehr Menschen zur Demonstration vor dem Gebäude zusammen. Am Spätnachmittag öffneten sich die Tore und tausende Demonstrantinnen und Demonstranten strömten auf das jahrzehntelang abgeriegelte Gelände, auf dem sich bereits die Vertreterinnen und Vertreter der Bürgerkomitees befanden. In Folge der Großdemonstration in Berlin-Lichtenberg kam es zur Besetzung. Nach nur drei Stunden hatten die meisten Menschen das Gelände aber wieder verlassen. Daraufhin konstituierte sich das Bürgerkomitee Normannenstraße, das in der Folge die Auflösung der Zentrale des Staatssicherheitsdienstes und die Sicherung der Akten zu überwachen versuchte. Mit der Übernahme des Hauptsitzes des ehemaligen Staatsicherheitsdienstes wurde der zentrale Dienstkomplex weitgehend außer Betrieb genommen und die ganzheitliche Entmachtung der Staatssicherheit ermöglicht. Die Regierung Modrow ließ ihren Geheimdienst nun endgültig fallen. Am 18. Januar 1990 beauftragte Regierungschef Hans Modrow den Leiter des MfS/AfNS und des in Neubildung befindlichen Verfassungsschutzes, Generalmajor Heinz Engelhardt „das ehemalige Amt für Nationale Sicherheit in allen seinen Gliederungen aufzulösen“.

Nachdem seit 5. Februar 1990 auch Vertreterinnen und Vertreter der Bürgerbewegung als Ministerin und Minister ohne Geschäftsbereich der Regierung angehörten, konnte zwischen der Regierung, dem Zentralen Runden Tisch und den Bürgerkomitees eine organisatorische Grundstruktur für die weitere Auflösung des MfS/AfNS ausgehandelt werden. Am 8. Februar 1990 stellte der Ministerrat den verschiedenen Gremien des Runden Tisches ein staatliches „Komitee zur Auflösung des ehemaligen MfS/AfNS“ zur Seite, das für die Abwicklung des Amtes zuständig sein sollte. Es bestand aus 261 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern, die sich zu einem großen Teil aus Vertreterinnen und Vertretern des Staatsapparates und aus ehemaligen Stasi-Mitarbeiterinnen und -Mitarbeitern sowie zu einem geringeren Anteil aus Repräsentantinnen und Repräsentanten der Bürgerkomitees zusammensetzten. An der Spitze des staatlichen „Komitees zur Auflösung des MfS/AfNS“ stand das Dreierkomitee des Zentralen Runden Tisches sowie ein Regierungsbevollmächtigter der Regierung Modrow: der frühere Leiter der Zivilverteidigung Fritz Peter.

Die Zusammenarbeit zwischen und auch innerhalb der verschiedenen Auflösungsgremien, zu denen das staatliche Komitee, die AG „Sicherheit“, die Bürgerkomitees und die Regierungsbeauftragten zählten, verlief nicht ohne Spannungen und gegenseitiges Misstrauen. Das Interesse bei den Kadern des alten Regimes, Verflechtungen zwischen der Stasi und dem Staatsapparat vorbehaltlos aufzudecken, war begrenzt. Zudem gab es unterschiedliche Auffassungen darüber, ob und welche Akten bewahrt oder vernichtet werden sollten. Ungeachtet dieser Frage gelang es, bis Ende März 1990 fast alle der etwa 91.000 hauptamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des MfS/AfNS zu entlassen oder sie in andere staatliche Institutionen zu übernehmen. Die Auflösung einzelner Diensteinheiten und die Sicherung ihres Schriftgutes dauerten noch bis Juni 1990 an. Doch bereits am 12. März präsentierte die AG „Sicherheit“ des Zentralen Runden Tisches in der letzten Sitzung ihren Abschlussbericht mit dem Fazit: „Das ehemalige MfS/AfNS ist nicht mehr arbeitsfähig“.

Wie umstritten der Umgang mit den Akten der Stasi selbst innerhalb der DDR-Bürgerbewegung war, zeigt sich auch in der Debatte um die Vernichtung der magnetischen Datenträger des Ministeriums für Staatssicherheit. Am 19. Februar 1990 beschloss der Zentrale Runde Tisch, die elektronischen Datenträger des Ministeriums für Staatssicherheit zu vernichten. Begründet wurde diese Entscheidung mit dem Schutz von Persönlichkeitsrechten und mit der Notwendigkeit, den Missbrauch personenbezogener Daten, auch durch andere Geheimdienste, zu verhindern.

Die AG „Recht“ des Zentralen Runden Tisches hatte hierzu bereits auf der 12. Sitzung am 12. Februar 1990 einen Antrag zur Vernichtung der Zentralen Personendatenbank und anderer Datenträger gestellt. Nachdem der Antrag vom Runden Tisch zunächst zurückgestellt worden war, reichte die AG „Sicherheit“ zusammen mit der AG „Recht“ bereits am 19. Februar einen weiteren Antrag zur „physischen Vernichtung magnetischer Datenträger des MfS/AfNS“ ein. Auf Anraten beider AGs beschloss der Runde Tisch schließlich einstimmig die Vernichtung dieser Datenträger, die bis zum 9. März 1990 erfolgen sollte. Als Hauptargument wurde der Schutz vor erneutem Missbrauch der sensiblen Daten angeführt. Die Vertreterinnen und Vertreter des Runden Tisches gingen von der Annahme aus, dass alle elektronischen Daten noch in Papierform vorhanden wären und somit nicht komplett verloren gehen würden. Dies stellte sich später als Irrtum heraus. Das Ausmaß der Verluste der Unterlagen ist bis heute ungeklärt.

In der letzten Sitzung des Zentralen Runden Tisches am 12. März 1990 diskutierten die Vertreterinnen und Vertreter nochmals über das Recht auf Akteneinsicht. Die Regierung Modrow hatte bereits am 8. Februar einen Ministerratsbeschluss veröffentlicht, in dem es hieß, dass die personenbezogenen Unterlagen, außer für strafrechtliche Verfahren, unter Kontrolle der Bürgerkomitees vorerst gesperrt blieben. Die langfristige Sicherung und Verwaltung des Materials wurde unter die Verantwortung des Ministeriums für Innere Angelegenheiten gestellt. Die AG „Sicherheit“ und die AG „Recht“ votierten in der letzten Sitzung, die Personendossiers ganz zu beseitigen und empfahlen, dass die Vernichtung aller Akten mit personenbezogenen Daten nach einer Entscheidung durch die neu gewählte Volkskammer erfolgen sollte. Diese Vorschläge stießen auf Widerstand unter den Vertreterinnen und Vertretern des Runden Tisches und einige forderten das Recht auf Akteneinsicht. Eine endgültige Entscheidung, wie mit dem verbliebenen Aktenmaterial umzugehen sei, wurde am Zentralen Runden Tisch jedoch nicht mehr gefällt. Dies zu regeln, wurde Aufgabe des neu gewählten Parlaments.