Der Innenausschuss empfahl anschließend, das Gesetz nicht zu bestätigen, da er in Übereinstimmung mit dem Rechtsausschuss keinen Handlungsbedarf sah. Bereits vorhandene Gesetze und Regelungen wie das Arbeitsgesetzbuch könnten in solchen Fällen angewandt werden. Die Fraktion CDU/DA änderte und konkretisierte jedoch den Gesetzentwurf und wollte diesen in den Ausschuss zurücküberweisen. Ziel des veränderten Entwurfs war es, Leitungspositionen, explizit in Arbeitsämtern, Finanzämtern und in der Volkpolizei, neu zu besetzen und auszuschreiben. Gerade in den Finanz- und Arbeitsämtern waren Leitungspositionen unter der Regierung Modrow zwar neu besetzt worden, allerdings größtenteils mit „bewährten Genossen“, so die Begründung. Die Neubesetzung der Amtsleiter der Volkspolizei sei „eine Frage der Demokratie“. Die Rücküberweisung in den Innenausschuss wurde mehrheitlich beschlossen.

Aber auch diesen Antrag empfahl der Rechtausschuss am 6. September abzulehnen. Ein Gesetz dazu sei nicht notwendig, da die Übernahme der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des öffentlichen Dienstes im Einigungsvertrag geregelt werde. Die Fraktion CDU/DA wandte sich gegen diese Empfehlung des Rechtsausschusses. Auch die SPD schloss sich der Meinung der Fraktion CDU/DA an. Es kam schließlich zu einer namentlichen Abstimmung. Mit 134 Stimmen lehnte die Mehrheit schließlich die Beschlussempfehlung des Rechtsausschusses ab, 84 stimmten dafür. Damit brachte die Volkskammer zum Ausdruck, dass sie im Unterschied zur Beschlussempfehlung des Ausschusses zu dieser Angelegenheit noch einen Beschluss fassen wolle. Daher sollte der Antrag über ein Gesetz über die Arbeitsrechtverhältnisse im öffentlichen Dienst erneut in den Ausschuss überwiesen werden, um einen neuen Gesetzesentwurf zu erstellen. Dazu kam es letztendlich nicht mehr, die Regelungen fanden sich im Einigungsvertrag.

Im Einigungsvertrag wurden dann Bestimmungen für die Überprüfung des öffentlichen Dienstes festgelegt. Grundsätzlich sollten alle Personen übernommen werden, um die Arbeitsfähigkeit zu gewährleisten. Eine Entfernung politisch belasteter Personen sollte über das Arbeitsrecht, im Sinne einer „Negativ-Auslese“ erfolgen. Durch den Einigungsvertrag wurde zudem eine außerordentliche Kündigung möglich, wenn der Arbeitnehmer gegen die Grundsätze der Menschlichkeit oder Rechtsstaatlichkeit verstoßen hatte oder für das MfS tätig gewesen war und deshalb ein Festhalten am Arbeitsverhältnis unzumutbar erschien. Auf dieser Grundlage setzte dann nach der deutschen Einheit eine umfassende Überprüfung von Personal und Bewerbern des öffentlichen Dienstes ein, die von den neuen Bundesländern unterschiedlich gehandhabt wurde.

Betreffende Personen mussten anhand eines Fragebogens Auskunft über eine eventuelle Tätigkeit für das MfS sowie über Mitgliedschaft und Funktion in politischen Parteien oder Massenorganisationen des SED-Regimes geben. Zusätzlich erfolgte meist eine Anfrage beim Bundesbeauftragten für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes (BStU), ob Informationen über eine Tätigkeit der betreffenden Person für das MfS vorlagen. Bei etwa 6,3 Prozent der Überprüften wurde eine offizielle oder inoffizielle Tätigkeit für das MfS festgestellt. Dies führte jedoch nicht automatisch zu einer Kündigung. Weniger als die Hälfte der Personen, für die eine Tätigkeit beim MfS nachgewiesen wurde, wurde entlassen (Schätzungen zufolge ca. 42.000). Auch weil die Entlassungskriterien im Einigungsvertrag nicht näher definiert waren, wurde eine Tätigkeit für das MfS in manchen Bundesländern als „Belastung“ gewertet und in anderen führte auch eine nachgewiesene offizielle oder inoffizielle MfS-Mitarbeit nicht zu einer Kündigung. Der große Ermessensspielraum führte zu großen Unterschieden in der Entlassungspraxis.

Insgesamt kam es insbesondere auf der unteren und mittleren Ebene des öffentlichen Dienstes zu keinem großen Personalaustausch, während es auf Leitungsebene zu einem substantielleren Austausch kam. Die größten personellen Umwälzungen im öffentlichen Dienst waren allerdings nicht den Kündigungen auf Grundlage des außerordentlichen Kündigungsrechts geschuldet, sondern gingen vielmehr mit der Auflösung zahlreicher DDR-Institutionen sowie der Anpassung des DDR-Staats- und Behörden-Apparats an westdeutsche Strukturen im Zuge der deutschen Einheit einher. Grundlage der Kündigungen bildete auch hier der Einigungsvertrag, zu den Gründen gehörten: mangelnde fachliche Qualifikation, fehlende persönliche Eignung sowie mangelnder Personalbedarf wegen Auflösung oder Veränderung der Beschäftigungsstelle.

Am 31. Mai 1990 brachte der Ministerrat einen Entwurf eines Richtergesetzes in die Volkskammer ein. Bereits der Zentrale Runde Tisch hatte die Regierung Modrow aufgefordert, dringend den Entwurf eines Richtergesetzes in der Volkskammer zu erörtern, in der die Unabhängigkeit der Richterinnen und Richter sowie Maßnahmen zur Entfernung belasteter Richterinnen und Richter durch die Regierung festgelegt werden sollten. Ziel des Gesetzes war es, zum einen eine Richter- und Staatsanwaltschaft zu schaffen, die nicht durch undemokratische, politisch orientierte Rechtsanwendung in der Vergangenheit belastet ist, und zum anderen die Verunsicherung bei Richterinnen und Richtern sowie Staatsanwältinnen und Staatsanwälten über ihre weitere berufliche Tätigkeit zu beseitigen. Das Gesetz sollte das Prinzip der Gewaltenteilung, die Unabhängigkeit des Richters oder der Richterin als ein entscheidendes Element des Rechtsstaates herstellen. Die Überprüfung der Richterinnen und Richter sollte ein vom Minister der Justiz einberufener parlamentarischer Richterwahlausschuss vornehmen. „Auf diese Art und Weise soll in einem gesetzlich geregelten und demokratisch legitimierten Verfahren die Aufarbeitung der Vergangenheit in der Richterschaft weiter vorangebracht werden. Etwa 1.300 Richter sollen so innerhalb von 3 Monaten überprüft werden.“, hieß es weiter.

Auch wenn es an der einen oder anderen Stelle Kritikpunkte gab, wurde der Antrag mehrheitlich von allen Parteien angenommen, und der Entwurf wurde an die zuständigen Ausschüsse überwiesen. Am 5. Juli 1990 wurde das Richtergesetz dann schließlich verabschiedet. In derselben Sitzung wurde zudem ein Staatsanwaltsgesetz verabschiedet, das die Aufgaben, Befugnisse und Grenzen staatsanwaltschaftlicher Tätigkeiten regelte und die Überprüfung mit Bezug auf das Richtergesetz aller im Amt befindlichen und künftigen Staatsanwältinnen und Staatsanwälte vorschrieb. Bereits am 20. Juli 1990 beantragten alle Fraktionen eine Ordnung über die Bildung und Arbeitsweise der Richterwahlausschüsse. Diese Richterausschüsse sollten nach Kriterien des Richtergesetzes prüfen, ob die Bewerberinnen und Bewerber die Befähigung für ein Richteramt besaßen. Am 22. Juli 1990 wurde der Antrag bei einigen Enthaltungen und einer Gegenstimme mit deutlicher Mehrheit in der Volkskammer angenommen. Trotz dieses Beschlusses und der seit Juli 1990 angestrebten Überprüfungen der DDR-Richter und -Richterinnen kam es vor dem 3. Oktober 1990 jedoch zu keinen Überprüfungen.

Personelle Konsequenzen in der DDR-Justiz hielten sich demnach insgesamt in Grenzen. Realpolitische Überlegungen der Entscheidungsträger führten dazu, dass es nicht zu einer Infragestellung der gesamten Rechtsprechung und Richterschaft kam, auch weil die Berufsgruppe der Richterinnen und Richter sowie Staatsanwältinnen und Staatsanwälte auch nach dem Systemwechsel gebraucht wurde. Eine Reihe belasteter Richterinnen und Richter sowie Staatsanwältinnen und Staatsanwälte hatte noch vor der deutschen Einheit mit einer neuerlichen Vorruhestandsregelung die Möglichkeit, den Justizdienst von sich aus finanziell abgesichert und unkompliziert zu verlassen. Mit dem Rechtsanwaltsgesetz, das von der Volkskammer am 13. September 1990 beschlossen wurde, wurde wenige Wochen vor dem Ende der DDR allen Juristinnen und Juristen im Staatsdienst zudem die Möglichkeit gegeben, eine Zulassung als Rechtsanwältin bzw. Rechtsanwalt zu beantragen. Diese Zulassung besaß dann auch im vereinten Deutschland ihre Gültigkeit. Von dieser Möglichkeit wurde rege Gebrauch gemacht: noch in den Abendstunden des 2. Oktober 1990 wurden zahllose Anträge auf Anwaltszulassungen genehmigt.

Die Überprüfung der politischen Vergangenheit der Juristinnen und Juristen ging mit dem Beitritt der DDR zur Bundesrepublik an die neuen Länder über, die dann viele Jahre mit der Prüfung beschäftigt waren. Die neuen Länder setzten sogleich die in der Volkskammer vorbereiteten Richterwahlausschüsse ein, die die persönliche Eignung derjenigen, die sich für eine Neueinstellung beworben hatten, überprüften. Insgesamt wurde über ein Drittel, 1.080 von ursprünglich 3.018 der DDR-Richterinnen und -Richter sowie der DDR-Staatsanwältinnen und -Staatsanwälte, in den bundesdeutschen Justizdienst übernommen. Die Prüfkriterien unterschieden sich allerdings auch hier von Bundesland zu Bundesland erheblich und führten zu unterschiedlichen Weiterbeschäftigungsquoten der Richterinnen und Richter (Berlin: 11,1 Prozent, Brandenburg: 44,9 Prozent, im Beitrittsgebiet durchschnittlich 38,3 Prozent) und der erneut eingestellten Staatsanwältinnen und Staatsanwälte (Berlin: 4,0 Prozent, Brandenburg: 55,4 Prozent, im Beitrittsgebiet durchschnittlich 32,2 Prozent).

Am 15. Juni 1990 stellte der Ministerrat in der Volkskammer einen Antrag für ein Gesetz zur Aufhebung der Versorgungsordnung des ehemaligen Ministeriums für Staatssicherheit/Amtes für Nationale Sicherheit. Mit diesem Gesetz sollte die Versorgungsordnung des ehemaligen MfS/AfNS zum 30. Juni 1990 aufgehoben werden und stattdessen Renten der Sozialpflichtversicherung wie für alle anderen Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer festgesetzt werden. Damit sollte dem Umstand Rechnung getragen werden, dass gerade diese ehemaligen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter für das Leid und die damit verbundenen Schäden mit verantwortlich gewesen seien.

Am 29. Juni 1990 beschloss die Volkskammer schließlich bei sieben Gegenstimmen und einer Enthaltung das „Gesetz über die Aufhebung der Versorgungsordnung des ehemaligen MfS/AfNS“. Damit hob sie das gesonderte Rentensystem des MfS auf und legte die Obergrenze der Rentenansprüche auf 990 Mark fest. Der Deutsche Bundestag begrenzte die Rente zum 1. August 1991 auf 802 DM.

Es konnte nachgewiesen werden, dass OibE weiterhin an zentralen Stellen im öffentlichen Leben eine Rolle spielten: u. a. bei der Kriminalpolizei, im internationalen Pressezentrum, im Postministerium, im Außen- und Verkehrsministerium, an der Humboldt-Universität, der Akademie der Wissenschaften, im Ministerium für Wissenschaft und Technik, beim Ministerrat und im Innenministerium. Auch der Büroleiter des staatlichen „Komitees zur Auflösung des ehemaligen MfS/AfNS“, Dieter Stein, konnte als OibE enttarnt werden, was Innenminister Peter-Michael Diestel in Bedrängnis brachte, unter dessen Verantwortung das Komitee agierte. Der Innenminister hatte trotz Hinweisen aus dem Sonderausschuss zunächst keine Überprüfung seiner Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter veranlasst. Einige Volkskammerabgeordneten stellten am 13. September 1990 daraufhin den Antrag, Innenminister Diestel wegen Unfähigkeit bei der Auflösung des Staatssicherheitsdienstes abzuberufen. Der Antrag wurde abgelehnt, doch Ministerpräsident Lothar de Maizière entzog daraufhin Diestel die direkte Zuständigkeit bei der Auflösung des MfS/AfNS und übertrug sie dem Staatssekretär im MdI Eberhard Stief.

Am 23. August 1990 beantragte die DSU-Fraktion, möglichst umgehend gesetzliche Voraussetzungen zu schaffen, die die Entlassung der ehemaligen MfS-Angehörigen aus dem öffentlichen Dienst ermöglichen sollte. Dieser Antrag zielte insbesondere darauf ab, „Offiziere im besonderen Einsatz“ noch vor Herstellung der deutschen Einheit aus dem öffentlichen Dienst zu entfernen. Zudem sollte damit verhindert werden, dass verdeckte ehemalige MfS-Angehörige und ihre Befehlsgeber aus den Reihen der SED durch bis heute bestehende Seilschaften mit öffentlichen Ämtern „belohnt“ werden. Diese Angst war nicht unbegründet, zahlreiche MfS-Mitarbeiterinnen und -Mitarbeiter sowie Angehörige der Kadernomenklatur wurden im Jahr 1990 in DDR-Behörden unter Verschleierung ihrer bisherigen beruflichen Laufbahn mit dem Ziel einer dauerhaften Weiterbeschäftigung im öffentlichen Dienst „versteckt“. Die Volkskammer beschloss einstimmig, dass der Antrag an den Sonderausschuss zur Kontrolle der Auflösung des MfS/AfNS und zur Mitberatung an den Innenausschuss und Rechtsausschuss überwiesen wird. Der Sonderausschuss empfahl in der darauffolgenden Sitzung am 24. August schließlich, dass der Ministerrat nicht zur Erarbeitung eines Gesetzes beauftragt werden sollte. Für die Durchsetzung der Zielsetzung des Antrages der DSU könne sich auf das geltende Recht, insbesondere das Arbeitsgesetzbuches, berufen werden. Die Beschlussempfehlung wurde bei einigen Stimmenthaltungen angenommen.

Auch wenn es zu keiner spezifischen gesetzlichen Regelung kam, versuchte der Sonderausschuss zur Kontrolle der Auflösung des ehemaligen MfS/AfNS die OibE vor allem aus höheren Positionen zu entfernen. So führten die Abgeordneten des Ausschusses mit den Betroffenen Gespräche oder auch mit der jeweils personalführenden Stelle, um so zu einer Kündigung bzw. Entlassung zu kommen. Auch die Ministerien wurden gebeten, ihre Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter durch den Sonderausschuss überprüfen zu lassen, um ehemalige OibE zu finden. Diese Überprüfung fand dann in den kommenden Monaten zum größten Teil statt. Viele der Offiziere im besonderen Einsatz schafften trotzdem den Übergang ins wiedervereinigte Deutschland und blieben zunächst auch weiterhin unerkannt auf ihren Posten. Erst im März 1991 wurden neue Gehaltslisten von hauptamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern veröffentlicht, darunter auch der ObiE. Im selben Monat veröffentlichte die Tageszeitung „taz“ zudem eine Liste mit OibE. Zwar waren auch auf dieser Liste nicht alle enthalten, aber die meisten hatten nun endgültig ihre Tarnung verloren und konnten nun ggf. aus ihren Beschäftigungsverhältnisses entfernt werden.

Vor dem Hintergrund dieser Debatte beschloss die Volkskammer auf ihrer konstituierenden Sitzung am 5. April 1990 die Einsetzung eines „Zeitweiligen Prüfungsausschusses“, der die Abgeordneten der Volkskammer auf eine frühere Zusammenarbeit mit dem MfS überprüfen sollte. Der Antrag aller Fraktionen über die Aufgabenstellung des „Zeitweiligen Prüfungsausschusses“ der Volkskammer der DDR wurde mit großer Mehrheit bei zwei Enthaltungen am 12. April angenommen. Die Regierungsbevollmächtigten zur Auflösung des MfS/AfNS hatten sich mit den Volkskammerfraktionen über ein vorläufiges Prüfungsverfahren bereits Ende März verständigt. Nachdem die Abgeordneten aller Fraktionen, darunter mit einiger Verzögerung auch diejenigen der CDU, ihre Zustimmung gegeben hatten, überprüften die Regierungsbevollmächtigten in einer ersten Durchsicht gemeinsam mit einigen Vertrauenspersonen anhand der zentralen Personenkarteien, welche Abgeordneten vom MfS als Inoffizielle Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter (IM) geführt worden waren. Nach dem Beschluss der Volkskammer vom 12. April 1990 sollte der „Zeitweilige Prüfungsausschuss“ die Akten der bei der ersten Durchsicht der Karteien belasteten Abgeordneten einsehen und ihnen gegebenenfalls den Rücktritt empfehlen. Der Abschlussbericht des Ausschusses an das Präsidium der Volkskammer sollte jedoch keine namentlichen Nennungen enthalten. Aufgrund der umfangreichen Aktenlage und der sensiblen Thematik gestaltete sich die Arbeit des Ausschusses allerdings als schwierig und zeitaufwendig. Der Abschlussbericht lag der Volkskammer erst am 28. September 1990 vor.

In diesem Bericht wurden auch die Gründe für die Verzögerungen dargelegt. Eigentlich war der Beginn der Einsicht in die MfS-Akten und Unterlagen bereits am 6. Juni vorgesehen. Dies wurde aber erst am 5. September möglich, die letzte Akteneinsicht erfolgte am 26. September. Verzögerungen ergaben sich u. a. aufgrund von Diskussionen um den richtigen Verfahrensweg bei der Überprüfung, die Frage der einzuhaltenden Sorgfalt in Bezug auf den Personendatenschutz, aber auch aufgrund von Verzögerungen in den Fraktionen sowie durch einzelne Personen, bei denen die schriftlichen Erklärungen fehlten sowie Verzögerungen beim Auffinden der Akten in den jeweiligen Stellen der Bezirke. Laut Abschlussbericht standen nach der ersten Überprüfung 67 Abgeordnete sowie Ministerinnen und Minister im Verdacht einer MfS-Tätigkeit. Von diesen 67 wurden tatsächlich 56 in der Zentralkartei des MfS als ehemalige und zum Teil bis zuletzt tätige informelle Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter geführt. Von diesen 56 Personen stellten sich nach Akteneinsicht 15 Fälle so dar, dass eine dringende Empfehlung zur sofortigen Mandatsniederlegung bzw. zum sofortigen Rücktritt ausgesprochen wurde. In 22 Fällen waren Akten vernichtet, nicht auffindbar bzw. nicht vollständig. Die Volkskammerabgeordneten kritisierten die Verzögerung bei der Überprüfung und sprachen ihr Bedauern aus, dass die Überprüfung nicht direkt in den ersten Wochen nach den Volkskammerwahlen erfolgt war.

Anfang September 1990 diskutierten die Volkskammerabgeordneten über die Entsendung von 144 Abgeordneten der Volkskammer in den 11. Deutschen Bundestag. Diese Parlamentarier sollten die Menschen der DDR vom Tag der deutschen Einheit bis zur Wahl eines neuen gesamtdeutschen Parlaments im Dezember 1990 vertreten. In einem Antrag von mehr als 20 Abgeordneten wurde gefordert, dass nur diejenigen Volkskammerabgeordneten in den Deutschen Bundestag entsandt werden dürften, die nicht für das Ministerium für Staatssicherheit gearbeitet haben. Der Antrag wurde schließlich in modifizierter und differenzierter Form am 13. September mehrheitlich beschlossen. Dadurch kamen die Diskussionen um die Arbeit des „Zeitweiligen Prüfungsausschuss“ wieder auf die Tagesordnung.

Kurz bevor der „Zeitweilige Prüfungsausschuss“ seinen Abschlussbericht vorlegen wollte, stellte die Fraktion Bündnis 90/Grüne am 20. September 1990 den Antrag, der „Zeitweilige Prüfungsausschuss“ möge die Namen aller Abgeordneten nennen, denen die Niederlegung ihres Mandats empfohlen werde. Gerd Poppe (Bündnis 90/Grüne) führte zur Begründung an, eine weitere Beschädigung des Ansehens des Parlamentes könne nur vermieden werden, wenn die MfS-Verstrickungen von Regierungsmitgliedern und Abgeordneten offengelegt werden würden. Während die Abgeordneten Thomas von Ryssel (F.D.P.), Gregor Gysi (PDS) und Wolfgang Thierse (SPD) diesem Vorschlag von Gerd Poppe zustimmten, kritisierte Ralph Geisthardt von der Fraktion CDU/DA dieses Verfahren: „Und wenn Sie hier Namen öffentlich nennen, können Sie den Leuten auch gleich einen Strick um den Hals mitgeben.“

Der Antrag wurde an den Prüfungsausschuss zur Beratung überwiesen, der seine Ablehnung empfahl. In der Sitzung der Volkskammer am 28. September begründete der Vorsitzende des „Zeitweiligen Prüfungsausschusses“ Peter Hildebrand die Entscheidung, indem er darauf verwies, dass der Ausschuss sich an die Entscheidung der Volkskammer vom 12. April gebunden fühle, die Namen der Abgeordneten nicht zu veröffentlichen. Alle Abgeordneten hätten ihr Einverständnis für ihre Überprüfung unter dieser Voraussetzung gegeben. Auch bedeute die Bekanntgabe der Belasteten keine Entlastung für die übrigen Abgeordneten. Die Akten des MfS befänden sich in so großer Unordnung, dass niemandem bescheinigt werden könne, dass es über ihn keine belastende Akte gebe.

Daraufhin kam es zu einer lebhaften, zeitweise tumultartigen Debatte um die Veröffentlichung und Nennung der Namen der belasteten Abgeordneten in der Volkskammer. Die Volkskammer beschloss zunächst, dass die Namen verlesen werden sollten. Dieser Beschluss sollte auf Initiative der Fraktion CDU/DA daraufhin nochmals auf Rechtmäßigkeit durch den Verfassungsausschuss überprüft werden. Abgeordnete der Fraktionen Bündnis 90/Grüne und SPD belagerten daraufhin u. a. den Raum vor dem Präsidium und setzten sich aus Protest auf den Fußboden. Die Namen der belasteten Abgeordneten wurden schließlich in der Volkskammer verlesen. Die Fraktion CDU/DA konnte dennoch erreichen, dass dies nur in einer nichtöffentlichen Sitzung geschah. Während und nach der Debatte kam es zu persönlichen Erklärungen und Rücktrittserklärungen von belasteten Abgeordneten sowie Ministerinnen und Ministern. Der Antrag des Abgeordneten Konrad Weiß (Bündnis 90/Grüne), wenigstens die Namen der fünfzehn am schwersten belasteten Abgeordneten der Öffentlichkeit bekanntzugeben, wurde abgelehnt, obwohl die Abgeordneten wussten, dass bereits Namenslisten unter den wartenden Journalisten kursierten. Eine Veröffentlichung konnte die Volkskammer mit diesem Verfahren nicht verhindern: Bereits wenige Tage später waren die Namen aller belasteten Abgeordneten der Presse zu entnehmen.