In den 1980er-Jahren blickte man im Bundestag bereits auf vier Jahrzehnte Demokratie zurück. Die strafrechtliche Verfolgung von NS-Tätern prägte die gesamte deutsche Nachkriegsgeschichte und auch heute ist das Thema nach wie vor aktuell. Ebenso lang zog und zieht sich auch die Kritik an den oft als zu milde oder zu spät erfolgten strafrechtlichen Ahndungen für die Verletzung von Menschenrechten und tausendfachem Mord. Viele NS-Täter entzogen sich auch durch eine neue Identität und bzw. oder das Auswandern der Strafverfolgung. Ursache für die in den Augen der meisten unbefriedigenden Ergebnisse der strafrechtlichen Aufarbeitung der NS-Zeit waren der in der Nachkriegszeit nicht erfolgte Elitenwechsel in den Reihen der Strafverfolgungsbehörden und die generelle Schwierigkeit, mit den Mitteln des Rechtsstaats Verbrechen zu ahnden, die durch einen diktatorischen Staat nicht nur geduldet, sondern befohlen wurden. Für eine strafrechtliche Verurteilung musste dem Täter eine konkrete Tat nachgewiesen werden. Den Personen, die die Befehle ausgeführt haben, konnte die Straftat leichter nachgewiesen werden als den Befehlsgebern. Zum geflügelten Wort wurde daher der Ausspruch: Die Kleinen fängt man, die Großen lässt man laufen.

Vor diesem Hintergrund stand nach dem Fall der Berliner Mauer für viele politische Akteure fest: Die unzulängliche Strafverfolgung der Nachkriegszeit hinsichtlich der NS-Täter darf sich bei der justiziellen Aufarbeitung der SED-Diktatur nicht wiederholen.

Der DDR-Führung war die Zentrale Erfassungsstelle stets ein Dorn im Auge. Wiederholt stellte sie die Forderung auf, die Stelle zu schließen. 1980 wurde die Abschaffung der Behörde eine der vier „Geraer Forderungen“ Erich Honeckers.

Ab den 1970er-Jahren war die Existenz der Erfassungsstelle jedoch auch in der Bundesrepublik umstritten. In der SPD wurden Stimmen laut, die eine Auflösung der Stelle forderten. Die SPD strebte in der Tradition des „Wandels durch Annäherung“ eine weitere Normalisierung des Verhältnisses zur DDR an; die Erfassungsstelle war nach Ansicht vieler SPD-Politikerinnen und Politiker dieser politischen Entwicklung der beiden deutschen Staaten nicht förderlich. Die SPD-Bundestagsfraktion sprach sich daher am 6. November 1984 für die Auflösung der Erfassungsstelle aus. Die sozialdemokratisch regierten Bundesländer stellten 1988/89 ihre Zahlungen für die Behörde ein.

1989 und 1990 führten die Entwicklungen in der DDR dazu, dass insbesondere die Bundestagsfraktion der CDU/CSU die von der SPD geforderte Abschaffung der Zentralen Erfassungsstelle bei jeder Gelegenheit dazu gebrauchte, die SPD deutschlandpolitisch zu diskreditieren. Mitte der 1990er-Jahre wurde jedoch von den Medien aufgedeckt, dass auch die Regierung Kohl in den Jahren 1984 und 1985 über eine teilweise Auflösung der Zentralen Erfassungsstelle gegen Zugeständnisse aus der DDR hinsichtlich der menschenrechtlichen Situation (etwa eine Aufhebung des Schießbefehls an der innerdeutschen Grenze) nachgedacht hatte.

Nach dem Mauerfall war man sich einig, dass das von der Erfassungsstelle gesammelte Material eine wertvolle Grundlage für die strafrechtliche Aufarbeitung der SED-Diktatur darstellte. Nach Herstellung der deutschen Einheit hatte die Behörde ihre Aufgabe erfüllt. Sie erarbeitete bis zu diesem Zeitpunkt Vorermittlungsakten zu ca. 40.000 Fällen, die im Zuge der Einheit an die verantwortlichen Staatsanwaltschaften übergeben wurden. Die Zentrale Erfassungsstelle wurde 1992 geschlossen.

Die Gesetzesinitiative rief bei der Opposition geteilte Meinungen hervor. Herta Däubler-Gmelin (SPD) äußerte Verständnis für das Anliegen, Menschen zu amnestieren, die „das […] bei uns [getan haben], was unsere Dienste woanders tun […]“. Allerdings kritisierte sie den Zeitpunkt: „Mich ärgert, daß Sie mit dieser Stasi-Amnestie nicht wenigstens so lange warten, bis die Opfer der Stasi rehabilitiert und entschädigt worden sind.“ Außerdem führte sie ins Feld, dass es noch ganz andere Personengruppen gebe, die einen „größeren moralischen Anspruch“ darauf hätten, amnestiert zu werden. Dabei ging sie auf die Gruppe von Beschäftigten ein, die aufgrund des sogenannten Radikalenerlasses aus dem öffentlichen Dienst der Bundesrepublik ausgeschieden waren. Auch die Männer und Frauen, die in den Konzentrationslagern der Nationalsozialisten inhaftiert waren und in der Bundesrepublik aufgrund ihrer kommunistischen Gesinnung nicht entschädigt wurden, wurden von Herta Däubler-Gmelin in diesem Zusammenhang genannt. Sie stellte die Forderung auf, aus Anlass der deutschen Einheit im Sinne einer „Jubelamnestie“ nicht nur die Stasi-Spione (die die Bundesrepublik ausgespäht hatten) zu amnestieren, sondern auch die von ihr genannten „Verurteilungen und Diskriminierungen“ zu beseitigen.

Weitere Stimmen aus der SPD regten an, Kriegsdienstverweigerer, die als Bausoldaten in der DDR tätig waren, und nach dem 3. Oktober als Vorbestrafte eingestuft werden würden, zu amnestieren. Das gelte auch für bundesdeutsche Verweigerer, die zur Vermeidung des Wehrdienstes nach West-Berlin gegangen waren.

Die generell kritische Haltung der Fraktion DIE GRÜNEN gegenüber geheimdienstlichen Aktivitäten äußerte sich auch in der Amnestiedebatte, die sich noch durch weitere Plenarsitzungen im September 1990 zog. Das Vorhaben, geheimdienstliche Tätigkeiten zu amnestieren, aber weiterhin Personen zu bestrafen, „die hier für den Frieden demonstriert haben, in gewaltfreier, friedlicher Weise, die sich vor Kasernen gesetzt haben, vor Massenvernichtungswaffen, um zu protestieren“, offenbare, so Gerald Häfner (DIE GRÜNEN), ein „verkommenes Rechtsbewußtsein“. Die Fraktion stellte ihrerseits Anträge für die Amnestierung bestimmter Personengruppen. So sprach sie sich für die Amnestierung von Wehr- und Zivildienstverweigerern sowohl in der ehemaligen DDR als auch in der Bundesrepublik aus. Außerdem sollten alle rechtskräftig verhängten Strafen wegen Landesverrats, der Blockade militärischer Einrichtungen, der Verweigerung von Kriegs- und Zivildienst, Boykotts der Volkszählung, der Bildung oder Werbung für eine kriminelle oder terroristische Vereinigung, Drogen-Eigenkonsums, Gotteslästerung, Schwangerschaftsabbruchs und homosexueller Handlungen erlassen werden. Für einen Katalog weiterer Strafen sollten aus Anlass der deutschen Einheit Strafmilderungen erfolgen. Als Begründung führte die Fraktion an, dass es in Europa ein „weit verbreiteter Brauch“ sei, aus besonderen historischen Anlässen Amnestien zu erlassen. Die deutsche Einheit sei ein solches „historisch bedeutendes Ereignis“. Die beiden Anträge wurden von den anderen politischen Kräften abgelehnt.

Die vonseiten der Opposition angeregte „Jubelamnestie“ stieß bei den Fraktionen CDU/CSU und FDP auf keine grundsätzliche Ablehnung. Jedoch wurde von der Union angeregt, das Thema nach der Bundestagswahl im gesamtdeutschen Parlament zu debattieren.

Die Debatte über eine – vor dem 3. Oktober 1990 von den Bundestagsfraktionen CDU/CSU und FDP geforderten – Amnestie für hauptamtliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Stasi, die auf dem Gebiet der Bundesrepublik spioniert hatten, wurde im gesamtdeutschen Parlament nicht weitergeführt. Im Februar 1991 erklärte die Bundesregierung auf Nachfrage eines Abgeordneten der CDU/CSU, dass eine Amnestie für die genannte Personengruppe nicht durchsetzbar gewesen sei. Die Beratung über die Frage, ob ein neuer Entwurf eines Amnestie-Gesetzes eingebracht werden sollte, habe die Bundesregierung noch nicht abgeschlossen.

Im Juni 1991 erklärte dann Bundesjustizminister Klaus Kinkel, dass eine Amnestieregelung bei den Opfern der SED-Diktatur keine Akzeptanz gefunden habe. Eine Amnestie könne jedoch nur dann friedensstiftend sein, wenn es eine allgemeine gesellschaftliche Akzeptanz für sie gebe.

Zu weiteren Anläufen, bestimmte Personengruppen aus Anlass der deutschen Einheit zu amnestieren, wie es 1990 im Bundestag von den Fraktionen DIE GRÜNEN und SPD vorgeschlagen worden war, kam es nicht mehr.

Erst 1995 änderte sich die Rechtslage durch eine Entscheidung des Bundesverfassungsgerichts, die eine weitgehende Straffreiheit für DDR-Auslandsspione bewirkte.