In der Debatte am 27. September 1991 wurde seitens des Bundestagsabgeordneten Dietmar Keller (PDS/Linke Liste, ehemaliger DDR-Kulturminister unter der Regierung Modrow) eingeräumt, dass der Antrag der SPD weiterginge als der Antrag seiner eigenen Gruppe, da es künftig nicht nur um die Arbeit der NS-Gedenkstätten, sondern auch um Gedenkorte für die Opfer des Stalinismus ginge. Wenn die „Stätten des antifaschistischen Widerstandes“ in der Ausschussarbeit zu den beiden Anträgen mit einbezogen würden, stellte die PDS/Linke Liste in Aussicht, ihren Antrag zurückzuziehen.

Die CDU/CSU ging auf den Antrag der PDS/Linken Liste ein und vertrat die Ansicht, dass die Unterhaltung von Gedenkstätten grundsätzlich Aufgabe der Länder und Kommunen sei. Nach dem Einigungsvertrag gingen die Gedenkstätten im Beitrittsgebiet in das Eigentum der neuen Bundesländer und der Kommunen über, eine finanzielle Beteiligung des Bundes sei nur in Ausnahmefällen möglich. Die bereits vor einem Jahr in Aussicht gestellte Gesamtkonzeption zur Beteiligung des Bundes bleibe abzuwarten. Der Antrag der PDS/Linke Liste sei einseitig, es müssten auch „Opfer und Widerständler gegen den SED- und Stasi-Terror“ einbezogen werden. Für die Opfer der NS-Diktatur gebe es bereits auf Landesebene Stiftungen, daher lohne sich eine Bundesstiftung nicht. Auch der Fall des Baus eines Supermarkts in Fürstenberg/Havel sei schon seit längerer Zeit geklärt, der Supermarkt werde nicht in der Nähe der Gedenkstätte Ravensbrück gebaut. Der Antrag der SPD sei eine gute Grundlage zur weiteren Diskussion in den Ausschüssen. Der Abgeordnete Stefan Schwarz (CDU/CSU) mahnte hinsichtlich der PDS/Linken Liste und ihres Redners Dietmar Keller an, dass man darauf achtgeben müsse, „daß wir die Menschen nicht beleidigen, indem wir uns jetzt mit den ehemaligen Tätern an die Opfergedenkstätten stellen.“

Die SPD forderte die Bundesregierung auf, die Gesamtkonzeption zur Beteiligung des Bundes an Mahn- und Gedenkstätten vorzulegen. Sie begrüßte, dass für die Haushaltspläne 1991 und 1992 bereits Mittel für die Gedenkstättenarbeit zur Verfügung gestellt worden waren. Die Gesamtkonzeption sollte dazu dienen, die Gedenkstätten, die oft durch lokale Interessensverbände aus bürgerschaftlichem Engagement heraus gegründet worden seien, zu unterstützen und damit anzuerkennen. Das stünde im Gegensatz zu dem Ansatz, der im Antrag der PDS/Linken Liste vertreten werde. Hier handle es sich immer noch um die in der DDR praktizierte Haltung, „auf dem Verordnungswege festzulegen, wessen sich das Volk erinnern und wessen es gedenken soll“. Für die neuen Bundesländer sei es auch zentral, dass nicht nur Gedenkstätten gefördert werden, die an die Opfer der NS-Zeit erinnern. Auch wenn man die beiden deutschen Diktaturen nicht vergleichen könne, dürfe es keine „selektive“ Erinnerung geben.

Die FDP wies den Antrag der PDS/Linken Liste zurück. Es müssten alle Opfer geehrt werden. Kritisch sei auch die im Antrag der PDS verwendete DDR-Terminologie („antifaschistischer Widerstand“). Auf dem Antrag der SPD könne man aufbauen.

Die Bundesregierung erklärte, dass die Beratungen zur Gesamtkonzeption noch nicht abgeschlossen seien. Aufgrund der verfassungsrechtlichen Situation könne eine Beteiligung des Bundes nur bei Gedenkstätten von gesamtstaatlicher Bedeutung erfolgen. Auch in diesen Fällen seien primär jedoch die Länder und Kommunen in der Pflicht, Vorstellungen zur Errichtung und zur inhaltlichen Gestaltung zu entwickeln. Vor allem für die Gedenkstätten in den neuen Bundesländern seien umfangreiche wissenschaftliche Untersuchungen vonnöten, um eine „Fortführung der einseitigen und geschichtsverfälschenden Darstellung, wie sie in der ehemaligen DDR gepflegt wurde“ zu vermeiden. Für die im Antrag der PDS/Linken Liste geforderte Einrichtung einer Bundesstiftung und einer gesetzlichen Garantie der „Unantastbarkeit der Stätten des antifaschistischen Widerstandes und ihres Schutzes vor kommerziellem Mißbrauch“ gebe es keinen Anlass. Es sei jedoch eine gesellschaftspolitische Aufgabe, „eine der geschichtlichen Wahrheit entsprechende Fortentwicklung der Mahn- und Gedenkstätten zu sorgen und sie vor Übergriffen und Mißbrauch zu schützen.“

Die beiden Anträge wurden an die Ausschüsse überwiesen.

Im Laufe des Jahres 1992 legte die Bundesregierung dem Haushaltsausschuss einen ersten Vorschlag für eine Gesamtkonzeption zur Beteiligung des Bundes an Mahn- und Gedenkstätten vor.

Im August 1992 folgten seitens der SPD weitere Anträge. Einer davon widmete sich den „Gedenkstätten ehemaliger NS-Konzentrations- und Vernichtungslager in Osteuropa“; er forderte die Bundesregierung auf, sich mit Mitteln des Bundeshaushaltes an den Gedenkstätten in ehemaligen NS-Lagern in Osteuropa zu beteiligen. Dafür sollte ein eigener Haushaltstitel beim Auswärtigen Amt eingerichtet werden. Der andere Antrag forderte eine Beteiligung des Bundes an der Finanzierung von Gedenkstätten mit gesamtstaatlicher Bedeutung. Demnach sollte der Bund 50% der Errichtungs- und Unterhaltskosten und 50% der Kosten für die politische Bildungsarbeit in den Gedenkstätten übernehmen. Des Weiteren forderte der Antrag die Einbeziehung der sogenannten „Speziallager“ in der Sowjetischen Besatzungszone (SBZ) und der DDR und eine Neukonzeption der unter SED-Herrschaft politisch instrumentalisierten NS-Gedenkstätten. Der Antrag der SPD enthielt erstmals die Formulierung: „Die NS-Verbrechen dürfen weder durch die Verbrechen des Stalinismus relativiert noch die Verbrechen des Stalinismus mit Hinweis auf die NS-Verbrechen bagatellisiert werden.“ Dieser Satz sollte in den kommenden Jahren immer mehr zu einem Paradigma der Aufarbeitung beider deutscher Diktaturen werden.

Über die beiden Anträge debattierte der Bundestag am 12. November 1992 in erster Lesung. Die Debatte stand ganz im Zeichen der zu dieser Zeit immer häufiger werdenden rechtsradikalen Anschläge, etwa auf jüdische Friedhöfe und auch auf die beiden KZ-Gedenkstätten Sachsenhausen und Ravensbrück. Die aktuelle Situation verdeutliche, so Vertreterinnen und Vertreter unterschiedlicher Fraktionen bzw. Gruppen, wie notwendig die Arbeit der Gedenkstätten auch für die Prävention von Radikalismus sei. Alle Fraktionen und Gruppen begrüßten die beiden Anträge der SPD, die gemeinsam mit der Konzeption der Bundesregierung eine gute Grundlage zur weiteren Beratung darstelle. Die Anträge wurden an die Ausschüsse überwiesen.

Die Gesamtkonzeption der Bundesregierung wurde jedoch im Haushaltsausschuss im Frühjahr 1993 durch die Koalitionsfraktionen abgelehnt und eine vom Bundesfinanzministerium vorgelegte Fassung akzeptiert. Diese Konzeption bezog sich ausschließlich auf Gedenkstätten in den neuen Bundesländern und sah eine Befristung der Förderung der ausgewählten Gedenkstätten durch den Bund von 10 Jahren vor.

Dieser Vorgang stieß insbesondere bei der Bundestagsfraktion der SPD auf Empörung. Die SPD hatte explizit eine Förderung auch von Gedenkstätten in den alten Bundesländern gefordert.

Am 10. November 1993 legten dann auch die Koalitionsfraktionen einen Antrag vor. Dieser begrüßte die von der Bundesregierung vorgesehene Förderung der Gedenkstätten Buchenwald, Sachsenhausen, Ravensbrück, Haus der Wannseekonferenz, Topographie des Terrors und die vorgesehene Beteiligung am Denkmal für die ermordeten Juden Europas. Des Weiteren begrüßte der Antrag die Absicht der Bundesregierung, sich an einer an die Teilung Deutschlands erinnernden Gedenkstätte Berliner Mauer mit Trägerschaft des Landes Berlin zu beteiligen, eine Einrichtung zum Wirken der Westalliierten nach dem Zweiten Weltkrieg zu schaffen sowie die durch den deutsch-sowjetischen Freundschaftsvertrag in Angriff genommene Umgestaltung der historischen Stätte in Karlshorst anzugehen und sich dort der deutsch-sowjetischen Beziehung zu widmen. Der Antrag forderte darüber hinaus die heutigen Träger der NS-Gedenkstätten der DDR auf, diese der „historischen Wirklichkeit“ und den „Anforderungen eines pluralistischen Geschichtsbildes“ anzupassen. In den Haftanstalten der ehemaligen SBZ und DDR sollten neue Gedenkstätten eingerichtet werden. Im Rahmen der Gedenkstättenkonzeption müsse zudem geprüft werden, welche der Einrichtungen in die Bundesförderung einbezogen werden könnten. Die vom Bund geförderten Gedenkstätten sollten mit „Informationseinrichtungen und Maßnahmen zur politischen Bildung verbunden sein“. Die Befristung der Förderung des Bundes solle vom Bundestag akzeptiert und die Bundesregierung zu einem bis zum 1. Mai 1994 vorzulegenden Bericht über die Gesamtkonzeption und ihre Umsetzung aufgefordert werden.

Auch die Pläne der Bundesregierung, in der Neuen Wache im Ostteil Berlins eine nationale Mahn- und Gedenkstätte für die Opfer von Kriegen und Gewaltherrschaft einzurichten, wurde von den Koalitionsfraktionen begrüßt. Die Bundesregierung solle darüber hinaus prüfen, ob man in Berlin nicht ein bestimmtes Areal auswählen könne, auf dem Mahnmale für einzelne Opfergruppen errichtet werden könnten.

Über den Antrag debattierte der Bundestag im Januar 1994 in erster Lesung. Seitens der SPD wurde bedauert, dass es bislang nicht zu einer interfraktionellen Lösung hinsichtlich eines Konzepts gekommen sei. Gerade angesichts erneuter rechtsradikaler Ausschreitungen wäre eine „gemeinschaftliche Willensbekundung des Parlaments“ notwendig. Mehrere Punkte des Antrags der Koalitionsfraktionen stießen bei der SPD auf Kritik: Die Begrenzung der Zuständigkeit des Bundes allein auf Gedenkstätten in den neuen Bundesländern, das Lob für die Umgestaltung der Neuen Wache zu einer zentralen Gedenkstätte, die zu vage Beschreibung der Bundesverantwortlichkeit für die politische Bildung sowie die ungenügende Differenzierung im Antrag zwischen NS- und SED-Diktatur. Von der FDP und auch von den Gruppen BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN und PDS/Linke Liste wurde ebenfalls der Wunsch geäußert, der Bundestag möge noch zu einer gemeinsamen Lösung finden. Der Antrag wurde an die Ausschüsse überwiesen.

Die Beschlussempfehlung des Innenausschusses zu all den genannten Anträgen lag zum 15. Juni 1994 vor. Der Innenausschuss forderte, dass der Bund sich an folgenden Einrichtungen bzw. Vorhaben beteiligen solle: Denkmal für die ermordeten Juden Europas in Berlin, Einrichtungen zum Gedenken an die Teilung Deutschlands in Berlin, wissenschaftliche Prüfung der durch die SED instrumentalisierten NS-Gedenkstätten, Errichtung von Gedenkstätten in Haftstätten der SBZ und DDR, Förderung der im Ausland befindlichen Gedenkstätten (Auschwitz-Birkenau und Theresienstadt). Die Gesamtkonzeption für die Beteiligung des Bundes an der Errichtung bzw. Erhaltung und Umgestaltung von Mahn- und Gedenkstätten in den neuen Bundesländern und der Antrag der Koalitionsfraktionen wurden mit wenigen Änderungen unterstützt.

Die Beschlussempfehlung wurde am 29. Juni 1994 ohne weitere Debatte im Plenum angenommen.

Die erste Gedenkstättenkonzeption des Bundes förderte bereits im Jahr 1993 insgesamt elf Gedenkstätten sowohl zur NS-Zeit als auch hinsichtlich des DDR-Unrechts in den neuen Bundesländern.

1999 hob die Bundesregierung die Befristung der Förderung auf und unterstützte fortan auch Gedenkstätten in den alten Bundesländern.

Auch im Einigungsvertrag wird die DDR als „SED-Unrechts-Regime“ bezeichnet. Die Legitimität dieser Bezeichnung für die DDR wurde erst im gesamtdeutschen Parlament in der Debatte um das SED-Unrechtsbereinigungsgesetz vonseiten der PDS/Linken Liste bestritten. Uwe-Jens Heuer (PDS/Linke Liste) beteuerte mehrfach, dass er die DDR zwar nicht für einen Rechtsstaat halte, die Bezeichnung als Unrechtsstaat jedoch ablehne. Sie komme einer Gleichsetzung der DDR mit der NS-Diktatur gleich, deren Justiz, „Tausende von Todesurteilen ausgesprochen“ habe. Grundsätzlich ähnelte seine Argumentation derjenigen, die er auch hinsichtlich der Verwendung des Begriffs der „verbrecherischen Organisation“ für das Ministerium für Staatssicherheit vertreten hatte. Die „Formel vom Unrechtsregime DDR“ diene, so Heuer, dazu, „den großen, repressiven Rachefeldzug gegen alle, die sich mit der DDR verbunden fühlten“ zu führen.

Vertreter der CDU/CSU verteidigten die Verwendung des Begriffs „Unrechtsstaat“ für die DDR. Aus ihrer Argumentation kann abgeleitet werden, dass sie den Begriff lediglich als Negierung des Begriffs „Rechtsstaat“ auffassten. Was kein Rechtsstaat gewesen sei, sei ein Unrechtsstaat gewesen. Auf den Vorwurf einer Gleichsetzung mit dem NS-Regime entgegnete der Abgeordnete Erwin Marschewski (CDU/CSU): „Das Dritte Reich war ein Unrechtsstaat, sicherlich mit anderen Facetten und unter anderen Umständen. Die DDR war ebenfalls ein Unrechtsstaat, den wir jetzt in einen Rechtsstaat überführt haben, in einen Staat der Freiheit, in einen Staat der Demokratie.“

Auch Vertreterinnen und Vertreter der anderen Fraktionen und der Gruppe BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN gebrauchten den Begriff. Er wurde auch in mehreren Anträgen und Gesetzentwürfen verwendet, ohne dass es zu einem Disput über die Legitimität seiner Verwendung gekommen wäre.

Die erbitterte Auseinandersetzung – auch als „Unrechtsstaatsdebatte“ bezeichnet – fand also bis zum Einsetzen der Enquete-Kommission „Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland“ nicht im Bundestag statt. Die Kommission sollte sich letztendlich auch mit diesem Thema auseinandersetzen.

Im Februar und März 1992 stellten dann alle Fraktionen und Gruppen des Bundestags Anträge zur Einsetzung der Enquete-Kommission.

Der erste Antrag stammte von der SPD-Bundestagsfraktion. Er formulierte als Aufgaben der Enquete-Kommission, die Machtstrukturen, Repressionsmechanismen und das Leben in der Diktatur zu untersuchen. Die Begründung zur Forderung nach Einsetzung der Kommission wurde mit den Worten eingeleitet: „Die unbearbeitete Geschichte der Deutschen Demokratischen Republik lastet im Prozeß des Zueinanderfindens auf den Menschen und läßt uns nicht zur Ruhe kommen. Es ist die Geschichte der Menschen, die in ihr lebten. Die Erfahrungen von Unrecht und Unterdrückung sind noch lebendig, Verletzungen können nicht einfach weggewischt werden.“ Den gegenwärtigen „Trend“, entweder die Geschichte einfach hinter sich lassen zu wollen, oder sie auf das Ministerium für Staatssicherheit zu reduzieren, würden dieser Situation nicht gerecht. Als höchstes gewähltes Gremium trage der Bundestag eine besondere Verantwortung zur politischen Aufarbeitung der Geschichte. Der Bundestag stehe darüber hinaus als Rechtsnachfolger der letzten demokratischen Volkskammer, die sich der Angelegenheit nicht mehr „in angemessener Weise“ widmen konnte. Er müsse die Initiative ergreifen, um „bessere Voraussetzungen für seine Urteilsfähigkeit und sein Handeln zu schaffen“. Durch die Enquete-Kommission könne ein Ort entstehen, „an dem über Jahre durch kontinuierliche Arbeit die Notwendigkeit und der Vollzug der politischen Aufarbeitung wachgehalten und auch in der Öffentlichkeit immer neu herausgefordert“ werde.

Wenige Tage später stellte die Gruppe BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN ebenfalls einen Antrag. Darin forderten sie nicht nur die Einsetzung einer Enquete-Kommission, sondern zusätzlich auch die Förderung außerparlamentarischer Ansätze zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. Letzteres sollte gewährleisten, dass gesellschaftliche Aufarbeitungsprozesse nicht durch parlamentarische Initiativen ersetzt oder verdrängt, sondern eine zivilgesellschaftliche Aufarbeitung unterstützt werden sollte.

Am 11. März 1992 reichte auch die Gruppe PDS/Linke Liste einen eigenen Antrag ein. Darin forderte sie, die Aufarbeitung der DDR-Geschichte in einem breiten Rahmen vorzunehmen. Einerseits sollten die Beziehungen zur Sowjetunion und den Ostblockstaaten und andererseits die „zahlreichen Wechselwirkungen in den damaligen deutsch-deutschen Beziehungen“ erfasst werden. Neben den Repressionsmechanismen in der ehemaligen DDR sollte auch „die politische Stabilität“, die „darin ihre Ursache hatte, daß es Leistungen und Werte in der Deutschen Demokratischen Republik gab, die die Zustimmung vieler Bürgerinnen und Bürger fanden“ durch die Enquete-Kommission untersucht werden. Außerdem sei die „pauschale Formel vom ‚Unrechtsregime Deutsche Demokratische Republik‘ […] einer wissenschaftlichen Kritik und Untersuchung zu unterziehen“. Es solle bei der Arbeit der Enquete-Kommission berücksichtigt werden, dass die Gründung der DDR ein „legitimer Versuch“ gewesen sei, zu „den aggressiven und antidemokratischen Traditionen in Deutschland“ eine Alternative zu schaffen. Des Weiteren dürfe die Aufarbeitung der Geschichte nicht als „Rachefeldzug und Inquisition“ betrieben werden. Auch eine kritische Aufarbeitung der alten Bundesrepublik hinsichtlich „antidemokratischer und rechtsstaatswidriger Fehlentwicklungen“ sei notwendig.

Ebenfalls am 11. März legten auch die Koalitionsfraktionen einen Antrag vor. Der Antrag formulierte folgende Aufgabenschwerpunkte der einzurichtenden Enquete-Kommission: Die Analyse und Bewertung der ideologischen Wurzeln und der historischen Ursachen für die Errichtung der Diktatur in der SBZ/DDR, das Herausarbeiten der persönlichen Verantwortung der Machthaber und der Nomenklatura, die Analyse und Bewertung der Machtstrukturen, Herrschaftsinstrumente und Repressionsmechanismen, die Beschreibung der Rolle der Kirche in der DDR, die Analyse der Auswirkungen der Herrschaftsstrukturen auf die Lebenswirklichkeit der Menschen in der DDR, die Analyse und Dokumentation der Ursachen und des Verlaufs der Friedlichen Revolution sowie des Aufbaus demokratischer Strukturen, die Rückwirkungen innerdeutscher Beziehungen auf die Entwicklungen in der DDR sowie die Entwicklung von Handlungsempfehlungen für den Bundestag hinsichtlich möglicher gesetzgeberischer Maßnahmen und sonstiger parlamentarischer Initiativen.

Ein weiterer Antrag der Fraktionen der CDU/CSU, FDP und SPD forderte den Bundestag auf, die Enquete-Kommission „Aufarbeitung der Geschichte und der Folgen der SED-Diktatur“ einzurichten. Der Kommission sollten sechzehn Mitglieder des Bundestags und elf Sachverständige angehören. Des Weiteren sollte durch den Antrag festgelegt werden, wie viele Mitglieder des Bundestags und Sachverständige von welcher Fraktion bzw. Gruppe benannt werden durften.

Am 12. März wurde in erster Lesung über alle Anträge beraten. An der mehrstündigen Debatte beteiligten sich zahlreiche Abgeordnete. Alle Bundestagsfraktionen und die Gruppe BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN waren sich einig, dass die bisherige Aufarbeitung einen zu starken Fokus auf das Ministerium für Staatssicherheit gelegt hatte und dieses Ungleichgewicht durch die Offenlegung der wahren Machtstrukturen und Verantwortlichkeiten austariert werden müsse. Das sei eine zentrale Aufgabe der neuzugründenden Enquete-Kommission. Fraktions- und gruppenübergreifend wurde betont, dass die Aufarbeitung der SED-Diktatur eine gesamtdeutsche Aufgabe sei und die Geschichte der DDR nicht als ostdeutsche Regionalgeschichte verstanden werden dürfe. Großen Raum nahm in der Debatte auch die Deutschlandpolitik der westdeutschen Parteien ein, auch diese müsse von der Enquete-Kommission untersucht werden. BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN forderten, dass die Enquete-Kommission überproportional mit Vertreterinnen und Vertretern der neuen Bundesländer zu besetzen sei. Vonseiten der SPD wurde angemahnt, dass BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN (in deren Reihen ehemalige DDR-Bürgerrechtlerinnen und -Bürgerrechtler saßen) eine volle und nicht nur mit beratender Stimme in der Kommission erhalten sollten. Die PDS/Linke Liste wiederholte die Standpunkte aus ihrem Antrag und stieß dabei auf großen Widerspruch und Ablehnung. Vielfach wurde der Wunsch geäußert, die Enquete-Kommission möge dazu beitragen, eine Art „moralische Wiedergutmachung“ zu schaffen, da die juristische Aufarbeitung nach bundesdeutscher Gesetzgebung nur sehr lückenhaft erfolgen konnte und zu großer Enttäuschung geführt habe.

Bei zwei Stimmenthaltungen wurde der Antrag der CDU/CSU, SPD und FDP angenommen und die Enquete-Kommission „Aufarbeitung der Geschichte und der Folgen der SED-Diktatur“ eingesetzt. Die restlichen Anträge wurden der Enquete-Kommission zur Beratung überwiesen. Die Enquete-Kommission erstellte auf deren Basis in ihrer Beschlussempfehlung den Text des Enquete-Auftrags.

Über die Beschlussempfehlung stimmte der Bundestag am 20. Mai 1992 ab. Über die Arbeit der Enquete-Kommission und ihrer Nachfolgerin informiert ausführlich das Themenportal Enquete-Online.