Erst mit den ersten freien Wahlen am 18. März 1990 konnte sich der offizielle Umgang mit der NS-Vergangenheit auch auf staatlicher Ebene in der DDR ändern. Symbolträchtig bekannte sich die letzte und erste frei gewählte Volkskammer in ihrer zweiten Sitzung am 12. April 1990 auf Antrag aller Fraktionen in ihrem ersten inhaltlichen Beschluss „zur Verantwortung der Deutschen in der DDR für ihre Geschichte und ihre Zukunft“. In der Erklärung heißt es, die Schuld der Deutschen dürfe niemals vergessen und durch diese müsse die Verantwortung für die Zukunft abgeleitet werden: „Durch Deutsche ist während der Zeit des Nationalsozialismus den Völkern der Welt unermeßliches Leid zugefügt worden. Nationalismus und Rassenwahn führten zum Völkermord, insbesondere an den Juden aus allen europäischen Ländern, an den Völkern der Sowjetunion, am polnischen Volk und am Volk der Sinti und Roma. Diese Schuld darf niemals vergessen werden. Aus ihr wollen wir unsere Verantwortung für die Zukunft ableiten.“

Zudem bekannte sich die Volkskammer mit diesem Beschluss im Namen aller Bürgerinnen und Bürger der DDR zur Mitverantwortung an der Shoah und bat die „Juden in aller Welt um Verzeihung“. Sie entschuldigte sich auch für die „Verfolgung und Entwürdigungen jüdischer Mitbürger“ in der DDR nach 1945 und erklärte sich bereit „zur Heilung der seelischen und körperlichen Leiden der Überlebenden beitragen zu wollen und für eine gerechte Entschädigung materieller Verluste einzutreten.“ Des Weiteren verpflichtete sich die Volkskammer, „die jüdische Religion, Kultur und Tradition in Deutschland in besonderer Weise zu fördern und zu schützen und jüdische Friedhöfe, Synagogen und Gedenkstätten dauernd zu pflegen und zu erhalten“ und dafür einzutreten, verfolgten Jüdinnen und Juden Asyl zu gewähren. Der Beschluss wurde mit überwältigender Mehrheit bei 21 Enthaltungen angenommen.

Im Rahmen der Debatten um den Einigungsvertrag forderte die Fraktion Bündnis 90/Grüne mehrmals dieses Bekenntnis zur Verantwortung der Deutschen in Bezug auf die NS-Geschichte auch in die Präambel des Einigungsvertrages einfließen zu lassen. Werner Schulz (Bündnis 90/Grüne) unterstrich in seinem Redebeitrag am 13. September 1990 beispielsweise, dass ein denkwürdiges Erinnern an die Verbrechen und Opfer des Nationalsozialismus in der Präambel des Einigungsvertrages angebracht wäre. Auch Wolfgang Ullmann (Bündnis 90/Grüne) zeigte sich erschüttert, dass in der Präambel der explizite Bezug zur Verantwortung für die Verbrechen des Nationalsozialismus fehle. Vertreterinnen und Vertreter der jüdischen Gemeinde seien deswegen bereits an ihn herangetreten.

Dieser direkte Bezug zur NS-Vergangenheit wurde letztendlich nicht in die Präambel aufgenommen. Im Unterschied zum Grundgesetz, in dem vier Jahre nach dem Ende der NS-Diktatur keine Bezugnahme auf die Vergangenheit vorangestellt worden war, wurde nun jedoch in der Präambel des Einigungsvertrages zumindest allgemein auf die besondere Verantwortung der Deutschen für ihre Geschichte eingegangen:

„Die Bundesrepublik Deutschland und die Deutsche Demokratische Republik – entschlossen, die Einheit Deutschlands in Frieden und Freiheit als gleichberechtigtes Glied der Völkergemeinschaft in freier Selbstbestimmung zu vollenden, […] im Bewußtsein der Kontinuität deutscher Geschichte und eingedenk der sich aus unserer Vergangenheit ergebenden besonderen Verantwortung für eine demokratische Entwicklung in Deutschland, die der Achtung der Menschenrechte und dem Frieden verpflichtet bleibt, […] sind übereingekommen, einen Vertrag über die Herstellung der Einheit Deutschlands mit den nachfolgenden Bestimmungen zu schließen.“

Erst nach den ersten freien Wahlen am 18. März 1990 wurde das Thema der jüdischen Einwanderer wieder aufgegriffen, was u. a. an dem frisch gewählten DDR-Ministerpräsidenten Lothar de Maizière (CDU) lag. Seit Jahren fungierte er als Anwalt der Ost-Berliner Jüdischen Gemeinde. Seit dem 18. November 1989 war er zudem DDR-Minister für Kirchenfragen. Er bewirkte zum Beispiel, dass die Modrow-Regierung im Dezember 1989 die von den Nazis aufgelöste Israelitische Synagogen-Gemeinde Adass Jisroel als eigenständige Gemeinde anerkannte. Auch die letzte und erste freigewählte Volkskammer der DDR erklärte sich in ihrem ersten inhaltlichen Beschluss bereits in ihrer zweiten Sitzung am 12. April 1990 aus historischer Verantwortung mit allen verfolgten Jüdinnen und Juden solidarisch. Sie legitimierte die am Runden Tisch beschlossene Grenzöffnung für diese Personengruppe, in dem dort festgeschrieben wurde, dass den verfolgten Jüdinnen und Juden Asyl gewährt werden sollte.

Im Mai 1990 öffnete die Regierung de Maizière schließlich die DDR-Grenze für alle, die sich in der Sowjetunion wegen ihrer jüdischen Herkunft oder Religiosität bedroht sahen. Auch wenn es keine offiziellen Verlautbarungen gab, sprach sich die Möglichkeit in jüdischen Kreisen schnell herum. Als erste Jüdinnen und Juden in Ost-Berlin ankamen, war das Gesetzgebungsverfahren noch nicht abgeschlossen. Wer als Sowjetbürgerin oder als Sowjetbürger bei der DDR-Volkspolizei oder später in speziellen Aufnahmebüros in Ost-Berlin seine jüdische Nationalität mit dem Inlandspass nachweisen oder durch die eigene Geburtsurkunde oder die der Eltern oder eines Elternteils belegen konnte, jüdisch zu sein bzw. eine jüdische Herkunft zu haben, erhielt eine unbefristete DDR-Aufenthalts- und Arbeitserlaubnis, Krankenversicherung, Unterkunft, Verpflegung und Taschengeld. Dieser erste Schritt in den Beginn eines neuen Lebens in der DDR war zunächst unbürokratisch. Der letzte DDR-Finanzminister, Walter Romberg (SPD), ordnete u. a. unbürokratische Soforthilfe bei Versorgung und Unterbringung an. Abrüstungsminister Rainer Eppelmann (CDU/DA) öffnete Kasernen als Wohnstätten, die erste davon in Ahrensfelde bei Berlin.

Am 11. Juli 1990 verabschiedete der Ministerrat dann schließlich einen umfangreichen Beschluss zu „vorläufigen Regelungen des Aufenthaltes und des Asyls für Ausländer“. Im Punkt 6 der Neuordnung wurde auch die Aufnahme jüdischer Menschen geregelt, dort hieß es: „Die Regierung der Deutschen Demokratischen Republik gewährt zunächst in zu begrenzendem Umfang ausländischen jüdischen Bürgern, denen Verfolgung oder Diskriminierung droht, aus humanitären Gründen Aufenthalt.“

Die Zahlen waren im Vergleich zu sonstigen Einwanderungsbewegungen anfangs sehr klein. Bis Oktober 1990 reisten etwa 2.000 Menschen nach Ost-Berlin ein. Allerdings schaffte es die DDR-Regierung nicht, den DDR-Einwanderungsbeschluss im Einigungsvertrag zu verankern. Trotzdem war dies der Beginn eines neu erblühenden jüdischen Lebens in Ost-Deutschland. Die Debatte wurde nach der deutschen Einheit weitergeführt.

Ab Januar 1991 setzten sich neben dem Zentralrat der Juden auch viele SPD-Abgeordnete sowie Kirchenvertreterinnen und -vertreter für die Fortsetzung dieser Migration ein. Im Februar 1991 plädierte schließlich auch der damalige Bundesinnenminister Wolfgang Schäuble auf Anraten von Bundeskanzler Helmut Kohl und nach einem Gespräch mit Heinz Galinski, Präsident des Zentralrates der Juden in Deutschland, auf der Bundesinnenministerkonferenz für eine Lösung zugunsten der jüdischen Einwanderinnen und Einwanderer. So erhielten ab 1991 Jüdinnen und Juden und Menschen mit jüdischen Vorfahren aus der Sowjetunion sowie aus deren Nachfolgestaaten die Möglichkeit, als „Kontingentflüchtlinge“ nach Deutschland einzureisen. Mit der neuen Regelung wurde die Zahl der jüdischen Einwanderer aus der Sowjetunion größer. Zwischen 1991 und 2005 kamen im „Kontingent-Verfahren“ etwa 230.000 Personen nach Deutschland. Am 1. Januar 2006 endete die „Kontingentflüchtlingsregelung“.

Die Last der deutschen Geschichte gehe über das Jahr 1945 hinaus, konstatierte Sabine Bergmann-Pohl zudem. Die Chancen der Befreiung am 8. Mai 1945 seien in der DDR nicht genutzt worden: „Die Versuchung, schnell, allzu schnell auf der Seite der Sieger stehen zu können, machte manchen zum Handlanger gewaltsamer Machtausübung. […] Wir sind auch verantwortlich für die erneute Verfolgung und Entwürdigung jüdischer Mitbürger nach dem Kriege in unserem Lande, für eine Politik der Heuchelei und Feindseligkeit gegenüber dem Staate Israel.“

Die Volkskammerpräsidentin schloss ihre Rede damit, dass die Friedliche Revolution ein Schritt in die Freiheit gewesen sei. Heute solle die Freiheit in der Einheit vollendet werden. Zudem forderte sie die Bürgerinnen und Bürger der DDR auf, die eigene Vergangenheit selbstkritisch aufzuarbeiten und nicht zu schweigen. Zuvor hatte Sabine Bergmann-Pohl sowie andere Vertreterinnen und Vertreter der DDR-Regierung und der Volkskammer u. a. Kränze am sowjetischen und polnischen Ehrenmal niedergelegt.

In West-Berlin fand zudem zeitgleich vor dem „Haus der Wannseekonferenz“, in der die Nationalsozialisten die Vernichtung der Jüdinnen und Juden Europas beschlossen hatten, eine Gedenkveranstaltung mit über 300 Teilnehmerinnen und Teilnehmern statt. Dies war auch der Höhepunkt der Tagung des Jüdischen Weltkongresses, einer internationalen Vereinigung, die jüdische Gemeinden und Organisationen weltweit vertritt und sich zum ersten Mal in ihrer Geschichte auf deutschem Boden traf. Anschließend lud DDR-Ministerpräsident Lothar de Maizière im Namen der DDR-Regierung Repräsentanten des Jüdischen Weltkongresses zu einem Empfang im Berliner Palast-Hotel in Ost-Berlin ein. „Geschichte ist nicht zu bewältigen, sondern nur ehrlich und wahrhaftig zu leben“, formulierte de Maizière in seiner Ansprache.

Auch nach den ersten freien Volkskammerwahlen am 18. März 1990 unterstrich DDR-Ministerpräsident Lothar de Maizière in seiner Regierungserklärung am 19. April 1990, dass die Anerkennung der polnischen Westgrenze als Voraussetzung für die deutsche Einheit unverzichtbar sei. Die Volkskammer hatte sich bereits in der Sitzung zuvor am 12. April 1990 im ersten inhaltlichen Beschluss aller Fraktionen zur Unverletzlichkeit der Grenzen bekannt: „Wir sehen eine besondere Verantwortung darin, unsere historisch gewachsenen Beziehungen zu den Völkern Osteuropas in den europäischen Einigungsprozeß einzubringen. In diesem Zusammenhang erklären wir erneut feierlich, die im Ergebnis des Zweiten Weltkrieges entstandenen deutschen Grenzen zu allen Anrainerstaaten ohne Bedingungen anzuerkennen. Insbesondere das polnische Volk soll wissen, daß sein Recht, in sicheren Grenzen zu leben, von uns Deutschen weder jetzt noch in Zukunft durch Gebietsansprüche in Frage gestellt wird. Wir bekräftigen die Unverletzbarkeit der Oder-Neiße-Grenze zur Republik Polen als Grundlage des friedlichen Zusammenlebens unserer Völker in einem gemeinsamen europäischen Haus.“

Auch die Volkskammerpräsidentin Sabine Bergmann-Pohl forderte am 8. Mai 1990 in ihrer Rede zur Gedenkveranstaltung zum 8. Mai 1945 die polnischen Westgrenze anzuerkennen: „Unsere Nachbarn sollen in der Gewißheit leben, daß von einem vereinten Deutschland niemals wieder eine Politik der Gewalt ausgehen wird, daß wir gemeinsam und in Frieden mit allen Völkern leben wollen. […] Deshalb soll das polnische Volk wissen, daß sein Recht, in sicheren Grenzen zu leben, von uns Deutschen weder jetzt noch in Zukunft durch Gebietsansprüche in Frage gestellt wird. Die Unverletzlichkeit der polnischen Westgrenze ist für uns eine entscheidende Grundlage für das friedliche Zusammenleben unserer Völker in einem gemeinsamen europäischen Haus.“

Der Deutsche Bundestag hatte bereits am 8. März 1990 eine Resolution verabschiedet, in der er seine Absicht bekräftigte, „die Grenzfrage in einem Vertrag zwischen einer gesamtdeutschen Regierung und der polnischen Regierung zu regeln, der die Aussöhnung zwischen beiden Völkern besiegelt“. Die damalige Bundesregierung unter Bundeskanzler Helmut Kohl (CDU) wollte die Grenze zu Polen allerdings erst durch „eine frei gewählte gesamtdeutsche Regierung und ein frei gewähltes gesamtdeutsches Parlament“ anerkennen lassen. Dies stieß auf polnischer Seite auf heftige Kritik. In der polnischen Öffentlichkeit kamen Ängste auf, dass das vereinte Deutschland wieder Ansprüche auf die Gebiete östlich der Oder-Neiße-Linie erheben könnte.

Die erste Reise des neuen Ministers für Auswärtige Angelegenheit im Kabinett von Lothar de Maizière, Markus Meckel (SPD), führte aus diesem Grund Ende April 1990 nach Warschau und nicht in die Bundesrepublik. Damit setzte Markus Meckel einen ersten eigenen außenpolitischen Schwerpunkt in dieser Thematik, was von der Bundesregierung durchaus kritisch bewertet wurde. In Gesprächen mit polnischen Politikerinnen und Politikern bekräftigte Markus Meckel die Notwendigkeit, die polnischen Sicherheitsinteressen beim Prozess der deutschen Einheit anzuerkennen und die Unverletzlichkeit der Oder-Neiße-Grenze als Grundlage einer neuen europäischen Ordnung zu etablieren.

Aufgrund der unterschiedlichen Bewertungen zum Vorgehen in der Grenzfrage trafen sich der Minister für Auswärtige Angelegenheit Markus Meckel und Bundesaußenminister Hans-Dietrich Genscher (FDP) am 24. April 1990 in Bonn, um das weitere Vorgehen zu besprechen. Sie kamen zu der Übereinkunft, dass polnische Vertreterinnen und Vertreter immer dann an den Zwei-Plus-Vier-Verhandlungen teilnehmen sollten, wenn über die Grenzfrage gesprochen werden würde. Zudem wurde eine deutsch-deutsch-polnische Kommission eingesetzt, in der Details zum Vorgehen in der Grenzfrage geklärt werden sollten. Allerdings brachten die trilateralen Verhandlungen zunächst keine Annäherung. Die Bundesregierung lehnte weiterhin eine frühzeitige völkerrechtliche Einigung ab und wollte den Ausgang der Zwei-Plus-Vier-Gespräche abwarten. Auf einem informellen Treffen am Rande der KSZE-Konferenz am 6. Juni 1990 in Kopenhagen teilte der polnische Außenminister Krzysztof Skubiszewski seinem bundesdeutschen Kollegen Hans-Dietrich Genscher mit, dass die polnische Regierung auf die frühzeitige Ausformulierung eines völkerrechtlichen Vertrages verzichten werde. Damit waren die bundesdeutschen Bedingungen erfüllt.

Am 21. Juni 1990 beschlossen dann beide deutschen Parlamente, die Volkskammer und der Deutsche Bundestag, eine gleichlautende Erklärung zur Unverletzlichkeit der Oder-Neiße-Grenze:

„Die Volkskammer der Deutschen Demokratischen Republik […] in dem Bewußtsein, daß dem polnischen Volk durch die Verbrechen, die von Deutschen und im deutschen Namen begangen worden sind, schreckliches Leid zugefügt worden ist, […] gibt ihrem Willen Ausdruck, daß der Verlauf der Grenze zwischen dem vereinten Deutschland und der Republik Polen durch einen völkerrechtlichen Vertrag endgültig wie folgt bekräftigt wird: […] Beide Seiten bekräftigen die Unverletzlichkeit der zwischen ihnen bestehenden Grenze jetzt und in der Zukunft und verpflichten sich gegenseitig zur uneingeschränkten Achtung ihrer Souveränität und territorialen Integrität.“

Diese Erklärung wurde in der Volkskammer ohne Aussprache mit 18 Stimmenthaltungen und 6 Gegenstimmen angenommen. Im Deutschen Bundestag wurde die Erklärung mit 487 Ja-Stimmen bei 15 Gegenstimmen und drei Enthaltungen angenommen.

Einen Monat später fand ein drittes Treffen der Außenminister am 17. Juli 1990 in Paris statt. Unter der Beteiligung Polens wurden die gemeinsamen Grundlagen zur Regelung der Grenzfragen endgültig festgelegt. Am 14. November 1990 unterzeichneten dann der deutsche Außenminister Hans-Dietrich Genscher und sein polnischer Amtskollege Krzysztof Skubiszewski in Warschau den Grenzvertrag. Die jeweiligen Parlamente ratifizierten ihn Ende 1991, sodass der Vertrag am 16. Januar 1992 nach dem Austausch der Ratifikationsurkunden in Warschau in Kraft trat.

„Heute können wir uns diesem Tag zum ersten Mal in unserem Land in Freiheit und Wahrheit zuwenden. […] Was damals in Berlin und in anderen Städten vor sich ging, wissen nur noch die Älteren unter uns. Sie erlebten eine Staatsmacht, die nicht mehr die Interessen der Bürger, sondern nur sich selbst vertrat“, begann Sabine Bergmann-Pohl ihre Festrede. Der 17. Juni 1953 sei nicht nur ein deutsches, sondern ein europäisches Datum, verdeutlichte Bergmann-Pohl: „Ihm folgten viele andere: der ungarische Aufstand von 1956, der Prager Frühling von 1968, die polnische Solidarność-Bewegung von 1980.“ Mit Blick auf diese europäische Dimension des 17. Juni bekräftigte die Volkskammerpräsidentin: „Unsere Einheit ist gegen niemanden gerichtet. Sie soll vielmehr auch Europa einen, sie soll helfen, die Spaltung von Ost und West endgültig zu überwinden.“ Zudem schlug Sabine Bergmann-Pohl vor, den Tag der deutschen Einheit, den die Parlamente noch beschließen müssten, zu einem gemeinsamen nationalen Feiertag zu machen.

Die Bundestagspräsidentin Rita Süssmuth (CDU) verwies in ihrer anschließenden Rede auf die Opfer des 17. Juni und alle Opfer des Stalinismus, die auf Rehabilitierung warteten. Der Aufbruch zu Demokratie und Freiheit habe in der DDR eine lange Vorgeschichte, zu der auch der 17. Juni 1953 gehöre. Gerade die Ereignisse des Jahres 1989 machten eindrucksvoll bewusst, dass die Opfer des niedergeschlagenen Aufstandes von 1953 nicht vergeblich waren. Man erlebe heute erstmals gemeinsam am 17. Juni einen Tag der Freude über den Sieg der Freiheit und Demokratie in der DDR und in Osteuropa.

Während des Aufstandes vom 17. Juni 1953 waren 18 Menschen standrechtlich erschossen worden. Weitere ca. 50 Personen starben während der Demonstrationen durch sowjetische Kugeln. Etwa 15.000 Menschen wurden nach dem Aufstand verhaftet und zu teilweise langen Haftstrafen verurteilt. Insgesamt gibt es in Deutschland heute mehr als 900 Gedenkzeichen, Gedenkstätten und Museen, die an die Diktatur in der SBZ und in der DDR erinnern, darunter beziehen sich rund 70 Orte auf die Geschehnisse und die Opfer vom 17. Juni 1953.

Konrad Weiß (Bündnis 90/Grüne) unterstrich in der Debatte um den Antrag der DSU, dass er verstehen könne, dass viele den Anblick des Staatswappens nicht mehr ertragen könnten. Er könne jedoch die Art und Weise des Umganges nicht gutheißen, die Staatswappen sollten nicht demontiert oder verhangen werden, um nicht einfach aus dem Gedächtnis zu verschwinden. Alternativ beantragte er im Namen der Fraktion Bündnis 90/Grüne den Artikel 1 der Verfassung dahingehend zu ändern, dass die Farben des Hambacher Festes und der Revolution 1848 als schwarz-rot-goldene Fahne der DDR eingesetzt werden sollte. Zudem sollte das alte Symbol mit Hammer, Zirkel und Ährenkranz durch das neue Symbol „Schwerter zu Pflugscharen“, als Zeichen für Gewaltfreiheit und Friedfertigkeit, als Staatswappen ersetzt werden. Die PDS unterstützte den Zusatzantrag der Fraktion Bündnis 90/Grüne, während die DBD, die Liberalen und CDU/DA die Diskussion um das Staatswappen nicht als dringlich werteten.

Bertram Wieczorek (CDU/DA) verdeutlichte in seinem Redebeitrag, dass die Diskussion über das Symbol des Staatswappens mit der deutschen Einheit Gegenstandslos werde und plädierte daher, nur über den Antrag der DSU zur Entfernung der Staatswappen abzustimmen. Der Zusatzantrag der Fraktion Bündnis 90/Grüne zur Ersetzung des Staatswappens durch das Symbol „Schwerter zu Pflugscharen“ wurde abgelehnt, während dem Antrag der DSU zur Entfernung der Staatswappen schließlich mehrheitlich zugestimmt wurde. Daraufhin entfaltete ein PDS-Abgeordneter eine Fahne mit dem Staatswappen der DDR an seinem Platz, woraufhin der stellvertretende Volkskammerpräsident Reinhard Höppner die Sitzung kurzzeitig unterbrechen ließ. Dies war nicht die erste Unterbrechung in der Debatte gewesen. Bereits zu Beginn der Diskussion um die Entfernung der Staatswappen war auf der Zuschauertribüne ein Transparent entrollt worden, auf dem u. a. eine Volksabstimmung über die Verfassung gefordert wurde. Daraufhin war die Zuschauertribüne geräumt worden.

Am 5. Juni 1990 wurde das Staatswappen vom Palast der Republik abmontiert und in das Haus der Geschichte nach Bonn gebracht. Auch andere Staatswappen wurden von öffentlichen Gebäuden entfernt. Trotzdem blieben das Staatswappen und die Staatsflagge bis zum Ende der DDR am 3. Oktober 1990 als offizielle Hoheitszeichen bestehen.